基于COⅠ的中国西施舌DNA条形码.pdfVIP

第 3O卷第 1O期 水 产 科 学 VoL3ONo．1O 201i年 10月 FISHERIES SCIENCE 0ct．2011 基于 CO工的中国西施舌DNA条形码 孟学平 ，高如承 ，申 欣 ，郑雯雯 ，赵娜娜 。，程汉 良 ，田 美 (1．淮海工学院 海洋学院，江苏省海洋生物技术重点实验室 ，江苏 连云港 222005； 2．福建师范大学 生命科学学院，福建 福州 350108；3．南京农业大学 资源与环境科 学学院；江苏省海洋生物重点实验室，江苏 南京 210095) 摘 要：以我国大连(DL)、日照 (RZ)、启东 (QD)、长乐 (CL)、漳州(ZZ)和北海 (BH)6个野生群体西施 舌为研究对象，用引物 LCO1490和HCO2198扩增线粒体细胞色素C氧化酶亚基 I(COI)基因片段 序列，PCR产物双向测序，用ClustalX进行DNA序列比对，用MEGA4．1和PhyML软件构建NJ树和 ML树，用Arlequin3．11软件进行分子方差分析，研究COI这一特定基因区段作为 DNA条形码在识 别西施舌地理群体的可行性和有效性。结果获得 658bp的COI核苷酸片段，其T、C、A、G含量分别 为42．4 、14．8％、21．8 、21．0％，A+T(64．2 )含量明显高于G+C含量。变异位点 占15．3 (101／658)，其中简约信息位点 占14．1 。群体 内遗传距离为 0．0020～0．0043，群体 问遗传距离为 0．0024~0．0883。群体间氨基酸序列无变异。长乐 、漳州群体(DH组)与其他群体 (HB组)间有显著 的遗传分化(FS=0．956～O．970)。NJ树和 ML树显示长乐、漳州群体聚为一支，北方的大连、日照、启 东群体和南方的北海群体聚为置信度较高的另一支 (BPN一99)，2支间的遗传距离为0．0837，是2支 内群体间遗传距离的17．8～23．5倍。本研究结果表明，COI基因片段序列作为鉴定福建西施舌条形 码是可行的，但不能将其余群体区别开来。 关键词：西施舌；线粒体；COl；DNA条形码 中图分类号：Q786 文献标识码 ：A 文章编号：1003—1l11(2011)10—0626—05 西施舌 (Coelomactra．antiquata)是一种海产 条形码的基础 。COI基因相对保守，有足够的变 名贵经济贝类 ，营浅海埋栖生活，在我 国的四大海 异，序列长度合适，被广泛地用于动物遗传变异、系 区沿海均有分布 。近年来，由于过度捕捞和栖息环 统发育分析及物种的鉴定[g]。近几年来 DNA条形 境的破坏 ，我 国西施舌 自然资源锐减[1]。西施舌种 码技术受到广泛关注[1n]，但基于COI的西施舌 质资源的保护和管理亟需其遗传学资料 。有关西 群体系统发育研究未见报道 。为此，笔者研究分析 施舌遗传结 构及群体遗传 差异 的细胞 色素 b 我国6个野生地理群体西施舌 COI基因片段核苷 (Cytb)L2]、扩增片段长度多态性 (AFLP)L3]、随机扩 酸及其编码氨基酸序列差异，旨在了解 中国典型地 增多态性 DNA(RAPD)4【]、核糖体 16S核糖核酸 理群体西施舌的遗传特征及群体问的遗传关系，探 (16SrRNA)基因[5]、内转录间隔区1(ITS1)[6和细 讨COI基因片段作为我国西施舌群体鉴定条形码 胞色素 C氧化酶亚基 I(COI)[7的分析 已有报 的可行性 ，为西施舌资源保护和利用 、科学管理及 道，但取样范围不够广，因此，中国沿海西施舌遗传 杂交育种提供资料。 状况尚不明朗。上述研究显示福建西施舌与其他 1 材料与方法 群体的差异