山东大学《分子模拟基础》期末考试题.pdf

《分子模拟基础》考试范围 1. 子动力学和Monte Carlo模拟的差别（提示：从理论方法，分析手段，含时运动等方面） 理论方法：Monte Carlo模拟的首要目的就是计算多组 体系的平衡性质。Monte Carlo 模拟方法从代表粒子位置坐标的3N维的 空间中抽样，不考虑粒子的动量。对理想气体行为的偏差程度都是由体系中原子之间的相互作用引起的，而表示这种相互作用的势 能函数只与原子的位置有关，而与它们的动量无关，这样Monte Carlo就可以通过计算势能获得导致与理想气体行为偏差的超额函数。 在 子动力学模拟中，都是对牛顿运动方程进行积 得到随时间变化的构象。由于相互作用势能复杂，不可能采用解析的积分方法， 在实际应用中都是采用有限差 的方法，就是用有限的时间段MC (P109), 子动力学(P134) 含时运动: Monte Carlo方法作为一种概率性统计方法在相空间中形成Markov链，一尝试步移动的结果只依赖于上一步，也就是 相空间中的随机行走。它局限于平衡态热力学量的计算，一般不能预测体系的动力学特性，平衡态物理量通过系综平均得到；而 子动力学则是一种确定性方法， 即可 确定系统在任意时刻的构型。它通过跟踪每个粒子的个体运动从而跟踪相空间中代表点的轨 迹， 其最大优点是可 计算动力学性质而不单单是与时间无关的静态性质或热力学量的期待值。但是， 子动力学中的各态历经性 没有得到证明。平衡态物理量通过时间平均得到。 析手段：MD通过 子间作用力促使体系变化，而 MC方法体系的变化仅仅通过不同构象之间的能量差异 成构象更迭。MD通过 求解分子牛顿运动方程得到体系动力学信息。MC是随即产生不同的尝试构象。MD受到时间控制，MC不受时间控制。 2. 简述从头算分子动力学（ab initio MD）的能量如何表达？并举例你所知道的相关程序名称； 从头计算 子动力学(AIMD)方法主要基于 下3个假设：(1)忽略系统的核量子效应；(2)认为系统满足轨道近似(即单电子近似)； (3)认为系统满足绝热近似。其中电子基态本征函数和本征值的计算是AIMD的核心内容。 总能量的表达式为：E E EPP EPP E E 是动能，内能（局部赝势+整体赝势），交换能，静电势能之和。 total kin local nonlocal XC ES 单独的表达式为： 动能E 1 f G 2 c (G) 2 kin i i i G 2 局部赝势： PP I E V (G)S (G)n (G) local local I I G 整体赝势 PP I E f (F ) h F nonlocal i I,i I,i i I ,I 交换能： * EXC xc (G) n (G) G 2 静电势能：EES 2 n tot (G) Eovrl Eself G0 G2 相关程序名称：VASP、Vklab 3. 对于一个化学反应，如何通过模拟计算得到其反应的过渡态；如何进行程序过程设计？ 寻找过渡态就是寻找势能面上的一级鞍点，确定分子可能的稳定结构之间变换可能的态，一级鞍点满足的条件： 2 E E F 0, 只有一个 2 0