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病原基因组学研究进展 上海交通大学医学院病原生物学教研室 郭晓奎 我国病原微生物基因组学的研究现状如何？目前常用的基因组学研究工具及方法是什么？研究基因组学有什么意义？ 一、概述 （一）定义 病原大家都知道，包括病毒，真菌，原虫和蠕虫，这里谈到的病原基因组学的病原主要是针对细菌。 谈到基因组学，我们回忆一下整个生命科学，其几十年来一个研究历程，在这个研究历程的过程中有三个关键词是非常重要的，那就是分子生物学，基因组学和系统生物学，关于分子生物学大家都知道在1953奥深克里克解释了双螺旋结构，以此开创了分子生物学研究的一个新的局面，从而奠定了这门学科的诞生，关于基因组学大家也知道主要的快速发展阶段是在上个世纪的90年代，那么主要由于人类基因组学的发展反过来促进了病原基因组学的发展，进而在基因组学的基础上延伸出来许多新的学科，包括转入组学，蛋白质组学，代谢组学以及相互作用组学等生物组学，进入到本世纪初大家也知道在此基础上提出了一个新的理念那就是系统生物学。 （二）历史 首先我们回顾一下整个基因组系列研究的历史。大家知道，第一个生物体的核酸的系列分析始于1977年，当时用3个法我们分析了fX174噬菌体，５３７５个剪辑，在１９８２年大家也知道又解析了更长的一个核酸也是一个噬菌体，整个系列的长度是４８５０２个剪辑，到１９９３年那么利用自动测序技术。 关于染色体的形状百分之９０以上的染色体都是环状的，只有个别的是现状的，出现在个别的种数里面，如刚才我们谈到的莱姆病的病原剥蚀多原体以及链酶群等，通常情况下都是一个染色体，但是在一些病原里面它会会是两个或两个以上，那么大家可以看下有两个的像莱姆病螺旋体就是两个以上，还有一个就是功能螺旋体，还有布鲁噬菌以及火段火菌都是两个以上的。 上面图表可以看到，一般我们的细菌多数的病原都是变形菌缸的，在这个菌缸里面，大家可以看到火烂火菌是两个染色体，而布鲁菌是３各染色体。剥蚀数多螺旋体的染色体可能大于７个，多沟螺旋体是两个，从基因组的大小来看，大家可以看到基因组相差的也是比较差的，有的基因组比较小，有的基因组比较大，剥蚀的每个基因染色体它的基因染色体都是比较小的，大家可以看到多沟螺旋体的基因组以及上班拉的基因组都是大于３乘１０的６次方的剪辑。传统上有一个认识，染色体的考位数基本上都是一个，但是实际上整个细菌的生长繁殖的不同期它的考位数是不一样的，有时考位数会很多，后面可以看到大家比较熟悉大肠杆菌每一个里面细胞里面会有一个１到４个的染色体，而布鲁群会有１３到１８个染色体在一个细胞里，当然这主要指他的考位数，个别的细菌大家可以看到会有一百或有上千的，主要的是不同生长阶段会有一个变化。 二、基因组的概述 （一）基因组的组成 最重要我们了解一个基因组，主要是了解一个基因组的组成，基因组的组成在细菌里面一般来说有这几种类型：第一，是只有一个环状或者线状的染色体，这是会有一部分细菌是这样的，还有的是两个以上的，染色体跟大家已经谈过了，除此之外有的细菌不单有染色体而且有质粒或者是前世云体的存在，而质粒大家知道他也是一个除了不是细菌生长所必须这一个特性，他具有和染色体同样的一些性质，包括自我复制；另外还有一点质粒和前噬菌体有一个共同的特征，就是他们可转移性，同时可以作为一个载体转移染色体的基因。 （二）基因组的特性 关于病原基因组性质的概括：病原基因组Ｇ＋Ｃ的一个含量，有一个很大的含量，从百分之30到百分之70左右，而且他的基因组的结构有4、5种。 基因组最基本的特性，基因组学了以后或者这个知识在感染性学或者控制学方面的应用，主要涉及到了治病性的研究，治病性所说的实际上就是治病机制的研究。他主要包括病原的一部分特性，病数组的一部分特性特别是病原和数组之间相互作用的研究。在过去近十年来，基因组的发展确实促进了这方面的研究，大家从一些学术期刊上也能体验这一点，比如说目前比较好的期刊有两个，一个是细胞微生物学，另外一个就是ＳＥＬＬ系列的杂志，微生物和数组的细胞，这两个杂志都成为了整个微生物学顶级的杂志，这也反映了这个领域目前是病原微生物学的一个热点。 第二个方面是关于诊断和流行病学。在基因组学发展的初期，我们用的每一个信息基本上都是每一种病原一种染色体，或者是整个全基因组的系列分析，然后我们研发一些研型技术或者是诊断技术，在流行病分析上我们用过很多分型技术，比如说我们表里面用到的MNP分型，MGE以及ＭＬＳＴ分型，以及后来我们提出的就是基于芯片的一些全基因组比较技术。但是随着今天，我们可以大胆的说基因组全系列的比较将来是流行病学同源性或追踪传染原的主要一个技术，就诊断方面而言，以前我们做鉴定病原或做一些临床诊断主要依据的就是病原的一些表形特征，特别是生化反应形态特征等。但是随着科学技术的进展，将来系列分析技术恐怕在临床上发挥更