中国黄牛线粒体Dloop区，ND5基因和Cyt+b基因多态性研讨.pdfVIP

中国黄牛线粒体D-loop区，NDS基因和 Cytb基因多态性研究 (摘要) 中国黄牛品种多、数量大、分布广，是世界牛属遗传资源宝库的重要组成部分 近 年来受生境条件、人类社会经济活动、外来品种入侵的影响，我国地方牛品种的遗传多 样性迅速降低。客观评定我国畜禽品种的遗传资源特征，制定合理的利用和保护措施， 对我国养牛业的持续发展，特别是新品种和新品系的培育具有重要意义。线粒体 DNA (mtDNA)因其进化速度快、基因组较小、结构简单而稳定、缺乏重组、无组织特异性 以及单性母系遗传等特点，而成为研究近缘种间和种内群体间遗传分化关系的有力工 具。 本研究选用了我国四个地方黄牛品种，即山东鲁西牛，陕西秦川牛，山西晋南牛， 河南南阳牛作为实验动物群体。利用特异性引物扩增出mtDNA中的目的片段。对不同 片段进行多态检测后得出以下结果: D-loop左功能域用SSCP法进行多态检测后发现每个品种均存在五种SSCP带型 其中四种带型A,B,C,D为共有带型，说明我国四个黄牛品种内存在丰富的多态 选 择带型不同的个体进行测序，并结合雷初朝所测秦川牛，南阳牛，晋南牛和蒙古牛共汁 22个序列进行序列单倍型和遗传多样性分析。结果表明，与A,B,D带型相似的序列 只存在一个碱基的差异分别定义为工，n和m型单倍型，C带型间及与其相似的序列间 差异较大，以两碱基差异为基准，将剩下的序列分别定义为N和V型单倍型，11型单倍 型间与其他三个单倍型间的遗传距离都较远，系统发育分析表明11型单倍型为瘤牛起 源，达到 100%的可信度，其余单倍型为普通牛起源。各单倍型在品种间及品种内的分 布均不平衡。南阳牛，晋南牛与鲁西牛11单倍型占优势，南阳牛的11单倍型比例达66%, 说明严重受瘤牛影响;秦川牛11单倍型的比例只有16%，说明受瘤牛的影响较小。 遗传多样性分析表明此区富含八汀碱基，存在着严重的转换偏倚 除去插入/缺失突 变22个序列间共存在38个碱基突变，约占分析位点的10%，其中单一多态位点6个， 简约信息位点332个。五个黄牛品种间核甘酸分歧度 (Dxy)在。.01396-0.044902间变 化，品种间双参数距离变化范围在0.0133-0.0470之间变化。表明我国黄牛品种间具有 非常丰富的遗传多样性。 根据晋南牛、秦川牛、蒙古牛、鲁西牛、南阳牛与欧洲牛和印度瘤牛之间的遗传距 离建立的系统树，发现秦川牛，蒙古牛与欧洲牛的亲缘关系最近。南阳牛与印度瘤牛的 亲缘关系较近。 D-loop左功能域变率为11%，约为ND5基因 (2%)的6倍，cytb基因(0.5%)23 倍。因此D-loop是用来分析种内品种间系统发育最有效的工具。 cytb基因中的250bp用SSCP检测多态 每个品种中均检测到两种带型，经测序分 析发现两种带型间只有一个碱基存在差异，两种带型在各个品种中的分布及频率基本平 衡 因此cytb基因由于变异位点较少，而不适合进行品种间的系统发育分析。 ND5基因453bp区段用四种限制性内切酶Hindi工工.Spe工,Hael工工和EcoR工进行RFLP 分析，结果发现两个多态位点，分别由HindIII,SpeI产生，并且只发现了两种限制性 态型A和B，两个位点紧密连锁。由前人研究结果可知，HindIII限制性态型A为瘤牛 起源，限制性态型B为普通牛起源。四个牛种均含有两种限制性类型，类似于D-loop, 南阳牛、晋南牛与鲁西牛限制性态型A占优势，南阳牛限制性态型A的比例达68%a 说明严重受瘤牛影响;秦川牛限制性态型A的比例只有 18%,说明受瘤牛的影响较小 根据四种限制性内切酶在ND5基因中的限制性片段数，计算出四个品种间的净遗传 距离，进一步绘制出系统发育树，发现秦川牛与另外三个牛种间的亲缘关系较远。而秦 川牛与晋南牛无论从外貌体型还是地理分布都很相似，因此地方牛种的相互关系并不能 简单地以地域来进行划分。 测序结果表明Hind[II,SpeI产生多态分别由nt12179发生T/C的突变、nt12136发 生AIG的突变造成的。除去这两个酶切位点，在453bp区段中还发现另外6个突变位点， 说明ND5基因变异程度较高。随着人们对ND5基因越来越深入的研究，其必将成为研 究系统发育和侯选基因标记的有用工具。 关键词:黄牛:mtDNA;ND5基因;Cytb基因:多态性 PolymorphysmAnalysisof