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第五章  蛋白质组学 主要内容 第一节 蛋白质组学的概念及其发展情况 第二节 蛋白质组学基本技术体系 蛋白的分离、鉴定、定量和蛋白相互作用研究 第三节 蛋白质组学新技术 存在问题和解决办法 翻译后修饰的蛋白质组学技术 定量蛋白质组学技术 本章重点和难点 何谓 “蛋白质组”，“蛋白质组学” 为何要进行蛋白质组学研究？ 现代蛋白质组学技术体系的四大支撑技术 生物质谱技术的原理和分类 双向电泳凝胶的染色技术有那些？ 何谓磷酸化蛋白质组学？ 何谓定量蛋白质组学？ 蛋白质组是澳大利亚学者Williams和Wilkins于1994年首先提出，源于蛋白质（protein）与基因组（genome）两个词的杂合,意指proteins expressed by a genome，即“一个细胞或一个组织基因组所表达的全部蛋白质”。 对应于一个基因组的所有蛋白质构成的整体，不是局限于一个或几个蛋白质。 同一基因组在不同细胞、不同组织中的表达情况各不相同 。 在空间和时间上动态变化着的蛋白质的整体。 蛋白质组学(proteomics) 蛋白质组学是研究一个基因组，或者一种组织或细胞内表达的全部蛋白质的数量、存在方式等的技术学科。 是应用各种技术手段来研究蛋白质组的一门新兴科学，其目的是从整体的角度分析细胞内动态变化的蛋白质组成成份、表达水平与修饰状态，了解蛋白质之间的相互作用与联系，揭示蛋白质功能与细胞生命活动规律之间的联系。 几个名词 结构蛋白质组学: 有什么蛋白,有多大量 功能蛋白质组学: 更要考虑这些蛋白有什么功能 比较蛋白质组学: 确定蛋白质组的表达差异 英文的表述 The total proteins found in a single cell in a particular environment is the proteome. Proteomics is the study of the composition, structure, function, expression level and interactions of the proteins directing the activities of each living cell. 蛋白质组学 Proteomics 2D gel separation ? MS analysis ? Protein identification Originated around 1993 The “-omics” 组学 Redefine how we think about biology and the workings of living systems DNA ? genome mRNA ? transcriptome 转录组 Metabolites ? metabolome 代谢组 All interactions between biomolecules ? interactome 相互作用组 System biology 系统生物学 Integrative biology 整合生物学 双向电泳 2D electrophoresis 蛋白质质谱鉴定 mass spectrometry identification Why Proteomics-3蛋白质的存在状态难以由mRNA水平确定 一个基因可能翻译成多个蛋白质 蛋白质的折叠状态 蛋白质的翻译后修饰状态 蛋白质的亚细胞定位 三、蛋白质组学的产生背景 1997年召开了第一次国际“蛋白质组学”会议 1998年在美国旧金山召开了第二届国际蛋白质组学会议 1999年1月在英国伦敦举行了应用蛋白质组会议 我国于1998年启动了蛋白质组学研究，在中科院上海生物化学研究所举办了两次全国性的蛋白质组学研讨会； 2003成立了中国人类蛋白质组组织（CHHUPO），并分别于2003年9月、2004年8月以及2005年8月召开了中国蛋白质组学首届到第六届学术大会； 2009年8月在中国泰州召开了第六届国际蛋白质组学会议，有600名代表参加。 北京蛋白质组研究中心 贺福初院士 现代蛋白质组学技术体系 四大支撑技术： 蛋白质分离技术 蛋白质鉴定技术 蛋白质定量技术 蛋白质-蛋白质相互作用技术 技术流程 1. 样品制备 2. 蛋白质混合物的分离 最经典和常用：双向电泳技术， 新发展的：非凝胶分离技术，如多维色谱技术 3. 蛋白质鉴定技术： 生物质谱技术 基质辅助激光解吸/电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS) 电喷雾质谱(ESI MS) 氨基酸测序技术 4. 蛋白定量 凝胶染色技术 一、蛋白质组研究中的样品制备 通常可采用细胞或组织中的全蛋白质组分进行蛋白质组分析。 也可