感染组学(infectomics)--对感染性疾病的总体性和综合性研究.pdfVIP

2005；32(4) 生物化学与生物物理进展 Pro昏Bioch咖．Biophys． ．307． 染性疾病用的抗原和碳水化合物的微阵列．一个巨 3．2疫苗 大的微生物抗原库，其容量可包括最常见的病原 用基因组方法寻找新疫苗的优点是此法不依靠 体，能够被固定在一张载玻片上(可多至20000个 对任何蛋白质功能的知识，并且能进行全面的搜 点)嘲．预计用微阵列对感染组进行全面检测必然要 索．例如，应用脑膜炎双球菌血清型B烈mB株)基 比用传统方法更为有效和特异． 因组来鉴定可能的候选疫苗．首先用生物信息学分 2．3宿主的感染组 析法扫描其基因组，寻找表面相关蛋白，包括跨膜 受病原体感染的宿主中，感染组的改变，包括 区、前导肽、已知表面蛋白质的同源物、脂蛋白标 mI斟A和蛋白质的表达形式，有固定的范型．故这 记、外膜锚定特征序列和宿主细胞结合区(例如精 些感染组就可以用来区别不同的感染原和不同的致 氨酸一甘氨酸一天门冬氨酸限GD)三肽)等．从总计 病机理．宿主基因的表达方式就可以用作感染性疾 2 病的诊断标志．DNA和蛋白质微阵列技术使我们能 物．在所有31株受试的脑膜炎双球菌中，这7个暴 获得细胞内基因表达形式的全面诊断信息．例如， 露于表面的蛋白质都是保守的，目前这些疫苗候选 人包皮成纤维细胞对鼠弓形体感染的反应可以用含 物正进入临床前期试验．用作结核分支杆菌、肺炎 有约22 000个基因的人cDNA微阵列进行检测．可 双球菌、Po伊^胛，加，麟∥，画秽4蠡、幽门螺杆菌新 以预期，对病原体引起宿主感染组的全面检测必然 疫苗的全基因组搜索也已进行．这些例子表明用全 要比仅仅检测传统的炎症标志，例如细胞因子，更 基因组分析和扫描的方法很有用． 为特异得多． 3．3反对生物恐怖主义 基于DNA的方法，包括DNA疫苗和合成的 3感染组学在预防和治疗中的应用 免疫刺激性寡脱氧核苷酸(OD№，已被用来发展 微生物感染的发生、发展决定于宿主一微生物 新的有效的病原体．特异性疫苗和能够激发宿主对 相互关系的性质．这些关系包括宿主．病原体、宿 生物恐怖剂抵抗力的免疫刺激剂．DNA疫苗需要带 主．共生菌和病原体一共生菌之间的相互关系．这 有编码抗原基因的质粒，且此基因的表达需受一个 些相互关系的机能整体性(h01istic)平衡对于我们强有力的哺乳动物启动子的调节．故DNA疫苗的 的健康是必要的．然而，对这种平衡仍然知之甚少． 缺点是制作费时过长．要制作、试验和获得批准一 特别是，我们很少注意共生性微生物可能对宿主的 个新疫苗可能要10年以上，而突变的病原体却能 防御系统大有益处． 在几个月之内绕过这样的疫苗的作用．而免疫调节 3．1药理基因组学 剂，例如ODN，可以广泛地刺激先天性免疫系统， 人体对药物(包括抗微生物疗法)的反应有很 从而加强宿主对生物恐怖剂的抵抗力．已证明， 高的异质性．在药物的个体治疗中，药物的转运和 ODN能激发小鼠的免疫刺激．此外，基因疗法可以 代谢、其靶细胞和细胞反应的途径都可以有变化． 作为控制微生物感染，包括生物恐怖剂引起的疾病 所以一个将药理学和基因组学综合起来的新学科就 的另外一种方法．总之，研究人和微生物的基因组 应运而生．应用包括基因组学和蛋白质组学新的全 资料将可为反对生物恐怖主义提供有力的武器． 面的方法，就可