一种基于代谢网络分析最小化基因组的方法及其在大肠杆菌中.PDFVIP

汤彬彩 等/一种基于代谢网络分析最小化基因组的方法及其在大肠杆菌中的应用 1173 生 物 工 程 学 报 Chinese Journal of Biotechnology August 25, 2013, 29(8): 1173−1184 /cjbcn ©2013 Chin J Biotech, All rights reserved 研究报告 一种基于代谢网络分析最小化基因组的方法及其在 大肠杆菌中的应用 1,2 1,2,4 1,2,3 1,2 1,2,3 汤彬彩 ，郝彤 ，袁倩倩 ，陈涛 ，马红武 1 天津大学化工学院生物工程系，天津 300072 2 天津大学 教育部系统生物工程重点实验室，天津 300072 3 中国科学院天津工业生物技术研究所 中国科学院系统微生物技术重点实验室，天津 300308 4 天津师范大学生命科学学院，天津 300387 汤彬彩, 郝彤, 袁倩倩, 等. 一种基于代谢网络分析最小化基因组的方法及其在大肠杆菌中的应用. 生物工程学报, 2013, 29(8): 1173−1184. Tang BC, Hao T, Yuan QQ, et al. Genome minimization method based on metabolic network analysis and its application to Escherichia coli . Chin J Biotech, 2013, 29(8): 1173−1184. 摘 要: 最小生命体的合成是合成生物学研究的重要方向。最小化基因组的同时而又不对细胞生长产生影响 是代谢工程研究的一个重要目标。文中提出了一种从基因组尺度代谢网络模型出发，通过零通量反应删除及对 非必需基因组合删除计算获得基因组最小化代谢网络模型的方法，利用该方法简化了大肠杆菌经典代谢网络模 型iAF1260 ，由起始的1 260 个基因简化得到了312 个基因，而最优生物质生成速率保持不变。基因组最小化 代谢网络模型预测了在细胞正常生长的前提下包含最少基因的代谢途径，为大肠杆菌获得最小基因组的湿实验 设计提供了重要参考。 关键词: 基因组尺度代谢网络，基因组最小化，组合算法，大肠杆菌 Received: March 26, 2013; Accepted: May 7, 2013 Supported by: National Basic Research Program of China (973 Program) (Nos. 2012CB725203 ，2011CBA00804), National Natural Science Foundation of China (Nos. NSFC，NSFC. Corresponding author: Tong Hao. Tel: +86-22 E-mail:haotong@ Hongwu Ma. Tel: +86-22 E-mail: ma_hw@ 国家重点基础研究发展计划 (Nos. 2012CB725203 ，2011CBA00804) ，国家自然科学基金 (Nos. NSFC，NSFC 资助。 1174 ISSN 1000-3061 CN 11-1998/Q Chin J Biotech August 25, 2013 Vol.29 No.8 Genome minimization method based on metabolic network analysis and its application to Escherichia coli Bincai Tang1,2, Tong Hao1,2,4, Qianqian Yuan1,2,3, Tao Ch