实验三酶分子理化性质分析及三维结构显示.docVIP

实验三：酶分子理化性质分析及三维结构显示 实验目的 学会利用计算机软件查找蛋白质序列上的蛋白酶酶切位点，并将酶切片段的电泳结果以图形展示出来。 学会利用软件分析预测蛋白质序列的滴定曲线、等电点和亲水性/疏水性区域，从而为实验提供参考。 掌握利用计算机软件识别酶分子三维结构的基本方法。 实验原理 Lasergene(DNAstar)（SeqBuilder 和 Protean软件包 ） Rasmol version 2.7 实验所需数据 基质金属蛋白酶-（MMP-）蛋白的氨基酸序列数据来自NCBI网站（）1 mgrvgvlvlv tilcskghsv piasksplti lfpgdiqsgt tdmelaesyl lqfgyliqeq 61 gsnatlqnal timqqklglk etgvldaetl eamkrprcgv pdigqfntfe gdlkwdhndi 121 tyrilnyspd ldpeviddaf arafkvwsdv tplsftriys gepdinilfg tedhgdpypf 181 drkdgllaha yppgpgvqgd ahfdddefwt lgtgtvvktr fgnaegalcr fpftfdgqsf 241 stcttagrsd glpwcstttn ydqdkkygfc psemlytygg nsngqpcvlp fifdgvsyng 301 ctkegrqdgy rwcsttanfd qdkkygfcpn rdtsviggns qgepcvfpft flgkihnsct 361 tdgrddrklw cattsnydld skwgfcpdqg yslflvaahe fghalgldhs dvqdalmypm 421 ysyvkdfqlh qddvrgiqfl ygtgsgappn pnppkptkkp latkrprttt rpvppvnpaq 481 dacnvemfda iadlqgalhf fkdglywtlt prsknspqsp lrisdtwpal pskidtafqd 541 ptsksifffs gskfwqytgt saigprsiek lglskdveai mgsfardngk allfngeqyw 601 rlnlktltid ngyprqtadn ypgvpgdshd vflyqgnyyf cqdqyfwrvt srkqqdmvgy 661 vsydllrcpq n （2）蛋白质结构数据（Prommp-2TIMP-2 Complex.pdb ）来自NCBI网站 点击More methods的下拉菜单，选择Protease-protease Map。 好单击紧靠方法名字的+号使之展开，查看蛋白酶一览表。 选择Chymotrypsin（胰凝乳蛋白酶）和CNBr，将它们拖入右侧的分析敞口，两种蛋白酶的识别位点显示如图。 从Site＆Features菜单，选择SDS PAGE Gel Simulation。酶切片段的分离结果会自动显示出来。在每个凝胶柱上面对应蛋白酶的名字和分子量。 4.1.3亲水性和疏水性 打开Lasergene中的Protean打开的文件。选择Analysis→Show Available Methods。 4.2 酶分子三维结构显示 raswin，是RASMOL的windows版本。主要用来看分子三维模型?（*.pdb文件)。该软件功能强大，但很多命令要用命令行进行操作。下面，就raswin?2.7为例，学会三维结构观看软件raswin的基本使用。 启动程序:黑的是图形界面，白的是命令行界面。 首先用图形界面窗口打开pdb文件（点击fileopen），默认是wireframe的显示模式 。 所需的基质金属蛋白酶-（MMP-） 改成cartoons显示模式；按住shift键向上脱动鼠标以放大；拖动鼠标以旋转分子角度，右键拖动鼠标以移动分子。  在命令行输入show information 显示酶分子信息。 输入 show sequence 以显示蛋白的残基序列; 作业 网上下载基质金属蛋白酶MMP-9的氨基酸序列和三维结构文件； 分析MMP-9基本理化性质（软件预测的等电点；Chymotrypsin（胰凝乳蛋白酶）和CNBr 酶切位点） 写出MMP-9结构信息;将链中29-100氨基酸残基结构另存为结构文件100.PDB，研究该文件，思考该结构文件中有几条链，为什么会出现断裂？ 实验结果及其分析 6.1已在网上下载基质金属蛋白酶MMP-