CoMFA网格点的生成及选取对结果影响的研究.pdfVIP

20年历史，从1986年开始申报上临床，直到1997年才作为国家二类新1育被批准试生产(上三加. 床)，其间度过了澳长的15年，其原因主要是SOD的安全性问月，因为我们申报的是动钧直，OD, 是一种异派蛋白(有免疫原性)因此作为药用醉其耐受性是应用中极为矢注的间月.尽，大t实脸 表明，SOD的毒副作用很小，但作为抗原多次注射仍有诱发免疫反应的可能.解决这个问厄，班有 效的方法是摘重组人SOD的研究，因此我们用克隆的人SOD荃因在大肠杆曹中获得离衰达，并已 达到5L发酵水平。通常SOD的分离纯化采用热变性、有机溶荆、!金川沉淀、旅酸按沉淀、离子交 换色谱和凝胶过渔等方法，纯化倍数和活力回收率都较低.固定化金属戮合亲和层析法提供了一个 新的纯化方法。我们用自制的亲和色谱柱载体分离纯化SOD，具有方法荀便、价格低和收率离的优 点，可为我们提供大f安全又廉价的SOD制品，无可2*.基因工程SOD的研究与应用，具有广阅 的应用前景。 、， / }?; CoMFA网46A的生成及选职对结果遨MPA的研究 朱杰 张万年 周有骏 季海涛 刘晓玲 朱驹 (上海200433第二军医大学药学院药化教研室) 计算机和分子图形学技术的不断进步，使得以考虑生物活性分子与受体结合时的三维结构性 质为特征的3D-QSAR方法取得了较大的发展，其中以比较分子力场分析法((CoMFA)应用得最 广且最为成功。CoMFA的提出主要基于以下两点认识:(1)引起生物学效应的药物一受体间的相 互作用多是非共价性的;(2)仅考察药物一受体结合时的静电和立体效应的分子力场(静电场和立 体场)即可准确反映出大t的分子性质。其具体实施步骤如下:首先确立药物分子的生物活性(药 效)构象.再依据合理的匹配规则将空间取向一致的化合物处合.计算机将按照分子的苗卡尔坐标 自动生成一个可包容所有化合物且与最外围原子至少保持4A距离的笼形盒子r〔e乡on),然后按一 定的步长(spacing，缺省值2A)将region均匀划分，生成成百上千个网格点。选取合适的探针原子 (缺省为带单位正电荷的SP3杂化碳原子)tI于每个网格点上计算分子外周的立体作用能与静电 作用能。由于网格点数目众多，自变f数目远大于因变f数，故CoMFA只能选用PLS方法对变f 与活性间关系进行统计处理，以交互较验得出的相关系数Qzf )作为衡fCoMFA模卫顶侧能力 的标准，棋型用三维图形表示. 由CoMFA原理可见其正是通过大量的网格点(每个网格点代表静电和立体作用能两个变f) 来描述化合物的分子力场从而关联活性并拟合方程的.但是在空间中选择哪些点和多少点来播述 力场却没有科学的依据，因而这些生成的格点变2就不象2D-QSAR94的LogP,MR那样确定而 是具有一定的随机性。从理论上讲，变化网格点的位t和数目会因改变了对化合物分子力场的棋拟 从而对COIV[FA结果产生影响。为证明该想法本文用三种不同的步长对份用COMM 方法研究过 的喜树孩类化合物进行了系统的网格点平移研究.此外对如何选取合适的最小列雌过值以加快 PLS分析速度也作了相应的探讨。 1材料与方法 选取本实验室中运用常规CoMFA方法研究过的30个喜树孩类化合物采用SYBYL6.2软件 包在SGIIndigoR4400图形工作站上对上述问超进行了较系统的研究.为方便比较，对该类化合 160 物的构建，优化及且合规月均沿用以苗的方法和结果。 1.1 网格点位f及效目对CoMFA结果的形响:用SYBYL程序语官SPL绝程，对常规CoMFA 生成的region在空间中分别沿X,Y,Z轴作系统平移研究:采用了1.5A,2A和3人共3种不同步 长，以。.1个步长为一平移单位，在一步长范围内沿三个轴方向进行了103共1000次系统平移.针 对每一次平移生成的region作CoMFA分析(用Leave-One-Out法作交互较验.最小列波过值 设为2)，对Q2值及相应.优组份数(ONC)的分布情况进行统计，结果见表1,表2和表3. Table1NumberofOccurrencesofDifferent