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微生物分类鉴定笔记 第六部分微生物分类学 定义：按微生物的亲缘把它们安排成条理清楚的各种分类单元或分类群的科学。 任务：分类、鉴定、命名 第十章 微生物的进化、系统发育和分类鉴定 进化(evolution)：生物与其生存环境相互作用过程中，其遗传系统随时间发生一系列不可逆的改变，在大多数情况下，导致生物表型改变和对生存环境的相对适应。 系统发育(phylogeny)：各类生物进化的历史。 分类(classification)：根据生物特性的特征的相似程度将其分群归类。 生物分类的二种基本原则： a）根据表型(phenetic)特征的相似程度分群归类，这种表型分类重在应用，不涉及生物进化或不以反映生物亲缘关系为目标； b）按照生物系统发育相关性水平来分群归类，其目标是探寻各种生物之间的进化关系，建立反映生物系统发育的分类系统。 第一节 微生物的进化和系统发育 一、进化指征的选择 1. 生物大分子作为进化标尺依据 a）在两群生物中，如果同一种分子的序列差异很大时——进化距离远，进化过程中很早就分支了。 b）如果两群生物同一来源的大分子的序列基本相同——处在同一进化水平上。 2. 作为进化标尺的生物大分子的选择原则： 1）在所需研究的种群范围内，它必须是普遍存的。 2）在所有物种中该分子的功能是相同的。 3）为了鉴定大分子序列的同源位置或同源区，要求所选择的分子序列必须能严格线性排列，以便进行进一步的分析比较。 4）分子上序列的改变（突变）频率应与进化的测量尺度相适应。 二、RNA作为进化的指征 16SrRNA被普遍公认为是一把好的谱系分析的“分子尺”： 1）rRNA具有重要且恒定的生理功能； 2）在16SrRNA分子中，既含有高度保守的序列区域，又有中度保守和高度变化的序列区域，因而它适用于进化距离不同的各类生物亲缘关系的研究； 3）16SrRNA分子量大小适中，便于序列分析； 4）rRNA在细胞中含量大(约占细胞中RNA的90%)，也易于提取； 5）16SrRNA普遍存在于真核生物和原核生物中(真核生物中其同源分子是18SrRNA)。因此它可以作为测量各类生物进化的工具。 三、rRNA和系统发育树 1. rRNA的顺序和进化 2. 特征序列或序列印记（signature sequence） 通过对rRNA全序列资料的分析比较（特别是采用计算机）发现的在不同种群水平上的特异特征性寡核苷酸序列，或在某些特定的序列位点上出现的单碱基印记。 3. 系统发育树(phylogenetic tree) 通过比较生物大分子序列差异的数值构建的系统树称为分子系统树，其特点是用一种树状分枝的图型来概括各种(类)生物之间的亲缘关系。 建立16 S r RNA系统发育树的意义 a）使生物进化的研究范围真正覆盖所有生物类群； b）提出了一种全新的正确衡量生物间系统发育关系的方法； c）对探索生命起源及原始生命的发育进程提供了线索和理论依据； d）突破了细菌分类仅靠形态学和生理生化特性的限制，建立了全新的分类理论； e）为微生物生物多样性和微生物生态学研究建立了全新的研究理论和研究方法，特别是不经培养直接对生态环境中的微生物进行研究。 第二节 微生物的分类与鉴定 一、微生物的分类单位 微生物分类的目的：把各种微生物按照它们的亲缘关系分群归类，排成系统，以便于人们对微生物进行鉴定和交流。 微生物的主要分类单位：界、门、纲、目、科、属、种、变种、亚种（小种）、型、菌株（品系）种是最基本的分类单位 (一).种的概念 定义：种是一个基本分类单位，是一大群表型特征高度相似、亲缘关系极其接近、与同属内其他种有明显差异的菌株的总称。 新种：sp.nov.或nov. sp.，新被鉴定的种发表时应在其学名后标上sp.nov.的符号，新种发表前应将其模式菌株的培养物存放在一个永久性的保藏机构，并应允许人们从中取得。 菌株（strain）：表示任何由一个独立分离的单细胞繁殖而成的纯种群体极其一切后代；实际上是一个微生物达到遗传性纯的标志。 小种（race）：涵义较乱，在不同分支学科中由不同涵义； 相（phase）：自然界存在的微生物交互变异的一定阶段； 态（state）：通常指微生物的菌落变异状态。 (二).种以上的系统分类单元 界 Kingdom 门 Phylum（或Division）——亚门 纲 Class ——亚纲 ——超目 目 Order ——亚目 科 Family ——亚科 ——族 ——亚族 属 Genus 种 Species (三). 种以下的分类单元： 亚种（subspeciers）：种的进一步细分，一般指其某一民而稳定的特征与模式中不同的种常在种名、署名的加词