用Material Studio构建复杂模型及转换成poscar的2种方法.docVIP

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2018-01-05 发布于河南
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用Material Studio构建复杂模型及转换成poscar的2种方法

用Material Studio构建复杂模型及转换成poscar的2种方法这里我介绍“用Material Studio构建稍微复杂的表面模型”。这里介绍的是构造一个根号3x2的pt（111）表面。用MS Modeling制作slab模型结构图1，打开MS modeling,建立一个项目，如test；2，右击test项目，在下拉菜单中选择import,在弹出的菜单中选择Structures/metals/pure-metals/Pt;3, 在主菜单中的Build选择surfaces/Cleave surface,4, 在弹出的菜单中处理数据（i）在surface box界面下a)你所要做的表面，如[111];??也就是将cleave plane [h k l]修改成 [1 1 1]；b) 修改深度，即将depth修改成你所需要的原子层数，如4；（ii）在options界面下将Orientation standard选项改成U矢量沿x轴方向，V在xy平面（iii）在surface Mesh的界面下修改U,V矢量。如保持U不变，将V矢量修改成 0.5 0.5 -15,点击cleave,产生一个[1 1 1]的表面模型，6，在主菜单中的Build选择Crystals/Build Vaccum Slab7,在弹出的菜单中修改相应的参量，比如将真空厚度修改成14angstrom, 点击build产生一个Slab模型；8，在主菜单中的Build选择Symmetry/supercell,将单胞修改成你所需要的大小，如将A修改成2，点击Create supercell这样产生了你所要的表面在该表面，你可以非常简单的看出hcp与fcc的差别，以及top，bridge位置。如果你需要产生vasp的poscar文件，那么你可以从ms模块导出这个文件为.car文件（它是卡迪尔坐标），简单进行处理下就变成vasp了。比如我这里有个。car坐标： ??Quote: !BIOSYM archive 3PBC=2DMaterials Studio Generated CAR File!DATE Thu Nov 16 09:42:17 2006PBC? ? 11.5352? ? 4.9949? ?90.0000(p 1)Au1? ?? ?0.000000000? ? 2.679917131? ?-2.354607603 XXXX 1? ?? ?xx? ?? ?Au??0.000Au2? ?? ?5.767587171? ? 2.679917131? ?-2.354607603 XXXX 1? ?? ?xx? ?? ?Au??0.000Au3? ?? ?2.883793586? ? 2.679917131? ?-2.354607603 XXXX 1? ?? ?xx? ?? ?Au??0.000Au4? ?? ?8.651380757? ? 2.679917131? ?-2.354607603 XXXX 1? ?? ?xx? ?? ?Au??0.000Au5? ?? ?1.441896793? ? 0.182478626? ?-2.354607603 XXXX 1? ?? ?xx? ?? ?Au??0.000Au6? ?? ?7.209483964? ? 0.182478626? ?-2.354607603 XXXX 1? ?? ?xx? ?? ?Au??0.000Au7? ?? ?4.325690379? ? 0.182478626? ?-2.354607603 XXXX 1? ?? ?xx? ?? ?Au??0.000Au8? ???10.093277550? ? 0.182478626? ?-2.354607603 XXXX 1? ?? ?xx? ?? ?Au??0.000Au9? ?? ?1.441896793? ? 1.847437629? ? 0.000000000 XXXX 1? ?? ?xx? ?? ?Au??0.000Au10? ???7.209483964? ? 1.847437629? ? 0.000000000 XXXX 1? ?? ?xx? ?? ?Au??0.000Au11? ???4.325690379? ? 1.847437629? ? 0.000000000 XXXX 1? ?? ?xx? ?? ?Au??0.000Au12? ? 10.093277550? ? 1.847437629? ? 0.000000000 XXXX 1? ?? ?xx? ?? ?Au??0.000Au13? ???0.000000000? ? 4.344876134?