蛋白质相互作用网络演化模型研究进展研究.pdfVIP

JournalofComputerApplications ISSN 1001—9081 2013—03—0l 计算机应用，2013，33(3)：816—820，829 CODEN JYIIDU http：／／www．joca．cn 文章编号：1001—9081(2013)03—0816—05 doi：10．3724／SP．J．1087．20l3．00816 蛋白质相互作用网络演化模型研究进展 骆嘉伟’，梁 成，宋 丹，李光辉 (湖南大学信息科学与工程学院，长沙410082) ($通信作者电子邮箱 luojiawei@hnu．edu．cn) 摘 要：研究蛋白质相互作用网络的演化机制及模型对于理解生物系统的进化及组织形成过程具有重要的意 义。到 目前为止，已经出现了多种依赖不同演化机制的蛋 白质相互作用网络演化模型，这些模型有针对性地体现 了 真实蛋白质相互作用网络中出现的某些拓扑特征 ，但同时也具有一定的局限性。通过对典型蛋 白质相互作用网络演 化模型进行研究，从模型的构建机理、演化模型及真实蛋白质相互作用网络的拓扑特征等方面进行 了分析和比较，并 总结了各个模型的特点。最后，对蛋 白质网络演化模型的进一步发展提 出了自己的看法，为深入理解蛋 白质相互作 用网络演化模型提供有益参考。 关键词：蛋白质相互作用网络；演化模型；拓扑特征 中图分类号：TP399 文献标志码：A Surveyonevolutionarymodelsofprotein-proteininteractionnetwork LUOJiawei，LIANGCheng，SONGDan，LIGuanghui (School InformationScienceandEngineering，HunanUniversity，ChangshaHunan410082，China) Abstract：TheresearchontheevolutionarymechanismsandmodelsofProtein—ProteinInteraction(PPI)networkis significantforunderstandingtheevolutionofthebiologicalsystemsaswellastheformationprocessoftheorganisms．Sofar， therehavebeenkindsofmodelsbasedondifferentevolutionarymechanisms．Allofthesemodelsexhibitcertaintopological characteristicsemergingfrom theprotein—proteininteractionnetworks，whilesomelimitationsexistsimultaneously．Thispaper focusedonseveralclassicprotein—proteininteractionnetworkmodels，analyzingthemainideasofthesemodelsandcomparing thetopologicalcharacteristicsderivedfrom them with thoseofrealprotein—protein interaction networks．A summaryofthe teaturesforeachmodelWaSgivenbasedontheexperiments．Atlast，severalviewpointsforthefutureresearchofprotein— proteininteractionnetworkmodelswerealsoproposedtoprovideausefulrefereneeofrfurtherstudi