主要是蛋白质的三维结构.PPT

中英联合实验室 第八章 蛋白质组研究中的生物信息学 第一节 生物信息学简介 一、什么是生物信息学 生物信息学是随着人类基因组计划而发展起来的。生物信息学是一门新兴的交叉学科。它包含了生物信息的获取、处理、存储、发布、分析和解释等在内的所有方面．它综合运用数学、计算机科学和生物学的各种工具，来阐明和理解大量数据所包含的生物学意义。 二、生物信息学的研究内容 生物信息学从有以下研究内容。 1．序列比对 基本问题是比较两个或两个以上符号序列的相似性或不相似性。序列比对是生物信息学的基础，非常重要。 2. 结构比对 比较两个或两个以上蛋白质分子空间结构的相似性或不相似性。 3. 蛋白质结构预测 包括二级和三级结构预测，是最重要的课题之一。 4. 计算机辅助基因识别 基本问题是给定基因组序列后，正确识别基因的范围和在基因组序列中的精确位置。这是最重要的课题之一。 5. 非编码区分析和DNA语言研究 在人类基因组中，编码部分占总序列的3％一5％，其他通常称为“垃圾”DNA，其实一点也不是垃圾，只是我们暂时还不知道其重要的功能。分析非编码区DNA序列需要大胆的想象和崭新的研究思路相方法。DNA序列作为一种遗传语言，不仅体现在编码序列之中，而且隐含在非编码序列之中。 6. 分子进化和比较基因组学 早期的工作主要是利用不同物种中同一种基因序列的异同来研究生物的进化，构建进化树。既可以用DNA序列也可以用其编码的氨基酸序列来做，甚至可通过相关蛋白质的结构比对来研究分子进化。 近年来由于较多模式生物基因组测序任务的完成，为从整个基因组的角度来研究分子进化提供了条件。 7. 序列重叠群装配 一般来说，根据现行的测序技术，每次反应只能测比500 bp或更多一些碱基对的序列，这就有一个由大量的较短的序列全体构成的重叠群。逐步把它们拼接起来形成序列更长的重叠群，直至得到完整序列的过程称为重叠群装配。 8．遗传密码的起源 遗传密码为什么是现在这样的？这一直是一个谜。一种最简单的理论认为，密码子与氨基酸之间的关系是生物进化历史上一次偶然的事件而造成的，并被固定在现代生物最后的共同祖先里，一直延续至今。不同于这种“冻结”理论，有人曾分别提出过选择优化、化学和历史等三种学说来解释遗传密码。随着各种生物基因组测序任务的完成，为研究遗传密码的起源和检验上述理论的真伪提供了新的素材。 9．基于结构的药物设计 人类基因组计划的目的之一在于阐明人的约10万种蛋白质的结构、功能、相互作用以及与各种人类疾病之间的关系，寻求各种治疗和预防方法，包括药物治疗。基于生物大分子结构的药物设计是生物信息学中的极为重要的研究领域。 10．生物信息处理并行算法的研究 由于生物信息数据的规模极其巨大，因此国内外都开展了生物信息处理算法并行化方向的研究。主要是研究生物信息学中的一些关键的算法，研究其中的可并行性．然后将其固化到硬件芯片中，从而提高整个计算系统的性能。 11. 其它 如基因表达谱分析，代谢网络分析，基因芯片设计和蛋白质组学数据分析．逐渐成为生物信息学中新兴的重要研究领域。 主要内容是： 1．生物信息的获取与开发 2．生物信息加工和利用 3．结构基因组和蛋白质组学研究 4．高通量药物筛选及相关技术 5. 小分子药物设计和分子设计 6. 生物芯片 7. 化学创新药物和新剂型 四. 蛋白质组研究中生物信息学的任务 Proteomic analysis requires highly sophisticated bioinformatic tools in not only electrophoretic and MS separation but also in the assignement of physicochemical properties and prediction of potential post-translational modifications and 3D structures Databases exist for the protein maps of a broad range of organisms, tissues, and disease states Ultimately, given the dynamic nature of the proteome, complex experimental details and related results need to be extrapolated in the context o