无义密码对线粒体密码进化的影响.pdfVIP

2011年 11月 内蒙古大学学报(自然科学版) 第42卷第6期 JournalofInnerMongoliaUniversity(NaturalScienceEdition) NOV． 2011 Vo【|42 No．6 文章编号：1000—1638(2011)06—0677-04 无义密码对线粒体密码进化的影响 孙咏萍 ，罗辽复。 (1．内蒙古师范大学物理与电子信息学院，呼和浩特 010022； 2．内蒙古师范大学科学技术史研究院，呼和浩特 010022； 3．内蒙古大学物理科学与技术学院，呼和浩特 010021) 摘要：遗传密码的起源与进化是理论生物学研究的一个基本问题．以线粒体密码为例，讨论密 码进化关系构建的不同规则，分析密码进化中重要影响因素—一无义密码子的再定义及其逆 过程．终止信号与氨基酸间的距离是密码进化关系构建中的关键，在密码进化中无义密码子突 变可以频繁进行，存在干涉现象，且进化倾向于无义密码子减少的方向． 关键词 ：反常密码；线粒体；无义密码子；突变；距离幅 中图分类号：Q61 文献标志码：A 生命密码的起源与进化是当今理论生物学研究的热点命题之一。，相关的理论和假说层出不 穷。．其中，无义密码子的重新诠释。及遗传密码的扩张 等 问题吸引了诸多研究者的 目光，极大的 丰富和发展了密码子的科学内涵，推动了相关领域研究的发展．1968年，克里克绘制了科学界公认的 遗传密码表 ，显示 自然界生命密码的高度统一性 ，1979年后，线粒体和细胞核密码 中的反常现象进 一 步说明密码具有可进化性 ．本文以线粒体密码为例 ，讨论密码进化关系构建的方法 ，提出距离幅 和非距离幅规则，分析和阐明密码进化中重要影响因素——无义密码子的再定义及其逆过程 ，可为进 一 步研究密码进化关系提供参考． 1 数据来源 http∥www3．ncbi．nlm．nih．gov／htbin--post／Taxonomy／wprintgc?mode=c]提供了与标准密 码存在差异的线粒体与细胞核反常密码．本项研究是基于密码进化 的生物学影响因素，建立数理模 型，推导标准表与资料提供 的全部线粒体反常密码 的进化关 系，即：标准表 (Standard)，绿藻 (Scenedesmusobliquus)，破囊壶菌(Thraustochytrium)，绿藻 (Chlorophycean)，酵母 (Yeast)，原生、 腔肠动物 (Protozoan、Coelenterate)，扁形虫(Flatworm)，无脊椎动物 (Invertebrate，代表物种 ：果 蝇)，棘皮动物(Echinoderm)，海鞘 (Ascidian)，脊椎动物(Vertebrate)—— 的进化关系 (吸虫 Trema— rode属于扁形动物Flatworm，不计算在内)C7-83，最后，对数据结果进行定量分析，得出结论． 2 数理模型 为获得标准表与线粒体反常密码与实验一致的进化关系，构建出与物种进化相一致的进化树。， 选取如下理论模型 ： * 收稿 日期 ：2011—06-21 基金项 目：国家基金对外交流项 目(39610311804)；内蒙古师范大学科研基金(ZRYB1009)；内蒙古师范大学研 究生科研创新基金资助项 目(CXJJBll003) 作者简介：孙咏萍 (1979一)，女，内蒙古兴安盟突泉县人，2009级博士研究生．E-mail：ypsun@imnu．edu．cn． 678 内蒙古大学学报 (自然科学版) 定义密码表之间的相似度 ： n S — 1一 (1)