分子数据库及NCBI序列检索.PPTVIP

主要内容 主要参考书 收集和管理生物分子数据 数据分析和挖掘 开发分析工具和实用软件 生物分子序列比较工具 基因识别工具 生物分子结构预测工具 基因表达数据分析工具 NCBI NCBI站点图 EBI Sanger 国内 北京大学生物信息中心（CBI） 中国科学院上海生命科学研究院生物信息中心（BioSino） 香港中文大学生物信息中心（HKBIC） 台湾分子生物信息中心（MBC） 天津大学生物信息中心（TUBIC） 国家人类基因组南方研究中心（CHGC） 2. 分子数据库及NCBI序列检索 2.1 分子数据类型 2.2 分子数据库 核酸数据库 EMBL （ European Molecular Biology Laboratory欧洲分子生物学实验室数据库 ，EBI维护） GenBank （ NCBI , National Center for Biotechnology Information美国国家生物技术信息中心数据库） DDBJ （ NIG, National Institute of Genetics日本国立遗传学研究所） GenBank数据库 基因组DNA数据库 对应于表达基因的cDNA数据库 蛋白质数据库 表达序列标签(ESTs) 序列标签位点(STS) 基因组测序序列(GSSs) 高通量基因组序列(HTGS) 其它核酸数据库 HIV Database(HIV序列数据库) /content/index IMGT(ImMunoGeneTics数据库含有与免疫系统有关的核酸序列数据 ) http://www.ebi.ac.uk/imgt/ dbEST (序列表达标记数据库) /dbEST/index.html EPD(真核启动子数据库) http://www.epd.isb-sib.ch/ 蛋白数据库 SWISS-PROT(蛋白序列数据库) http://www.ebi.ac.uk/swissprot/ PIR(蛋白序列鉴定数据库) / PDB(蛋白序列三维立体结构数据库) /pdb/home/home.do PROSITE(蛋白特征序列字典) http://www.expasy.ch/prosite/ ENZYME(蛋白酶数据库) http://www.expasy.ch/enzyme/ REBASE(限制酶数据库) /rebase/rebase.html HSSP(同类二级结构蛋白数据库) http://www.sander.ebi.ac.uk/hssp/ BLOCKS(蛋白序列块数据库) / 基因组数据库 gdb(人类基因组数据库) / DICTYDB(盘基网柄菌基因组数据库) /others/dsmith/dictydb.html EcoGene(大肠杆菌K12基因组数据库) / FLYBASE(果蝇基因组数据库) / MAIZEDB(玉米基因组数据库) / SGD(酵母菌基因组数据库) / WORDMPED(蠕虫基因组计划蛋白数据库) http://www.sanger.ac.uk/Projects/C_elegans/ TIGR(基因组分析研究中心) 其它数据库 OMIM(人类孟德尔遗传学数据库) /sites/entrez?db=OMIM PHDP(放射杂交体数据库) http://www.ebi.ac.uk/RHdb/index.html SRPDB(信号识别位点数据库) /dbs/SRPDB/SRPDB.html EMP(酶和代谢途径数据库) /EMP/ 2.2 NCBI序列检索 网址:/ NCBI资源包括: PubMed All Databases BLAST OMIM Books TaxBrowser Structure PubMed PubMed是美国国家医学图书馆提供的搜索服务,提供了来自MEDLINE和其它相关数据库的文献记录,同时提供了许多在线期刊的链接. All Databases Entrez检索系统,将科学文献、核酸和蛋白质序列数据库、蛋白质三维结构数据库、种群研究数据以及全基因组数据等整合成一个高度集成的系统. BLAST 是为了分析核酸和蛋白质数据库而设计的序列相似性搜索工具 OMIM 在线人类孟德尔遗传性状数据库,是一个人类基因和遗传异常的索引 Books 提供在线的参考书籍 Structure 提供了分子建模数据库,是一个记录了大分子三维结构,以及使这些结构可视化和进行比较分析的工具 TaxBrowser 是一个以组织进行分类的分类信息浏览器 NCBI序