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全基因组测序 全基因组测序是对未知基因组序列的物种进行个体的基因组测序。如人类基因组计划 技术路线： 提取基因组DNA，然后随机打断，电泳回收所需长度的DNA片段（0.2~5Kb），加上接头, 进行基因簇cluster制备或电子扩增E-PCR，最后利用Paired-End（Solexa）或者Mate-Pair（SOLiD）的方法对插入片段进行测序。然后对测得的序列组装成Contig，通过Paired-End的距离可进一步组装成Scaffold，进而可组装成染色体等。组装效果与测序深度与覆盖度、测序质量等有关。目前常用的组装有：SOAPdenovo、Trimity、Abyss等。 二 . DNA/RNA/蛋白质的序列与结构 DNA序列与结构 RNA-seq: RNA-seq即转录组测序技术，就是把mRNA 、小RNA和 非编码 RNA等或者其中一些用高通量测序技术把它们的序列测出来。反 映出它们的表达水平。 方法： 将mRNA随机打断，用随机引物和逆转录酶先合成cDNA，再连接测序接头，进行DNA测序 ，然后拼接测序结果 （缺点：反转录的步骤会引入错误，且效率不高） RNA直接测序： （单分子测序技术）利用边合成边测序原理，优化使用的聚合酶和缓冲液，以及专利的荧光核苷酸类似物，从而能在poly（dT）包被的表面捕获聚腺苷酸化的RNA，并利用大肠杆菌poly（A）聚合酶Ⅰ来进行边合成边测序。目前最长的无误差读数是75nt。 二 . DNA/RNA/蛋白质的序列与结构 RNA序列与结构 RNA结构： 结构预测： 算法：基于最小自由能和基于序列比对的算法 7大常用软件： RNAfold、 mfold、 Srna、 CARNAC、 MARNA、 Pfold、 RNAStucture 二 . DNA/RNA/蛋白质的序列与结构 RNA序列与结构 DNA/RNA/蛋白质的序列与结构 RNA序列与结构 RNA结构的体外分析： 酶法 ：Rnase A : 单链 的C或U Rnase T1：单链的G Rnase V1：处于 配对状态的任何碱基 In-line probing和SHAPE 都是基于RNA特有的2位羟基而衍生的分析技术 X射线晶体衍射和核磁共振技术 RNA结构的体外分析： 酶法 : (Rnase A :单链 的C或U; Rnase T1:单链的G; Rnase U2: 单链的A Rnase V1: 配对状态的任何碱基) 二 . DNA/RNA/蛋白质的序列与结构 RNA序列与结构 RNA结构的体外分析In-line probing 3 ’ A A G A C G C G C G U U A G A G A G A C U U C G A U C G C G A U A G U A G C G C G C UCCGAACUAAAAGAUA G U U C C U A A C G G C A U C G G C ACCAAAAACGGUG G C CUGCCC-OH C G C G U G C G C G C G C G C G C G U G C C G G C U A U U U U C U G U C ψ3 Ψ1 ψ2 G C U U U G U G C C G A U U G U A A U G C A A C A U A G A