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杏鲍菇转录组数据SSR位点的生物信息学分析-应用与环境生物学报
2017-06-25 DOI: 10.3724/SP.J.1145.2016.05014 /
Chin J Appl Environ Biol 2017 23 ( 3 ) : 0454-0458
应用与环境生物学报 ，
杏鲍菇转录组数据SSR位点的生物信息学分析*
1, 3 2 1 1 1 1**
李强 陈诚 熊川 陈祖琴 金鑫 黄文丽
1四川省农业科学院生物技术核技术研究所 成都 610061
2 四川省农业科学院植物保护研究所 成都 610066
3 四川大学生命科学学院 成都 610065
摘 要 为了开发杏鲍菇分子标记，利用前期高通量测序技术获得的杏鲍菇转录组数据，采用生物信息学软件Trinity
MISA Simple sequence repeats SSR 45 833
拼接，然后通过 软件检索并分析杏鲍菇转录组简单重复序列（ ， ）位点. 共获得
条unigene ，在其中的3 256条unigene 中检测到3 811条符合软件参数的 SSR序列，发生频率为8.31%. SSR位点平均长度为
15 bp，平均分布频率是1/15.91 kb. 在杏鲍菇转录组的SSRs中，单核苷酸与三核苷酸重复基元为主要重复类型，分别占
SSRs 45.24% 35.53% SSR 5-24 5 10 SSR
总 的 和 . 基元的重复次数为 次，其中 次或 次重复是发生频率最高的， 重复基元共有
85 A/T 38.97% AG/CT 8.24% 3 811 SSR 3 644
个类型，其中 是最常见的重复基元，比例为 ，其次为 ，比例为 . 对 个 位点设计出
对 SSR引物，随机选择20对引物进行PCR扩增，其中9对在 3个杏鲍菇品种中表现出多态性. 本研究表明杏鲍菇转录组
SSR位点多态性丰富，具有较高的应用潜力. （图3 表2 参25 ）
SSR
关键词 杏鲍菇；转录组； ；分子标记；遗传多样性
CLC Q811.4 : Q949.329.810.3
Bioinformatic analysis of simple sequence repeat (SSR) loci in the Pleurotus
eryngii transcriptome*
1, 3 2 1 1 1 1**
LI Qiang , CHEN Cheng , XIONG Chuan , CHEN Zuqin , JIN Xin HUANG Wenli
1Institute of Biological Nuclear Technology,
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