诺卡氏菌腈水合酶的分子模拟与计算机定点突变研讨.pdfVIP

I032 诺卡氏菌腈水合酶的分子模拟与计算机定点突变研究 于慧敏 史悦 刘杰 彭宝祥 陈家琦 沈忠耀∗ （清华大学化学工程系，生物化工研究所，北京 100084） 摘 要 腈水合酶是生物催化法生产丙烯酰胺的重要催化剂。为了对腈水合酶的热稳定性和产物 耐受性进行有效地改造，本课题组采用生物信息学前沿技术进行腈水合酶的分子模拟与计算机定 点突变研究。分别采用生物信息学软件和网络资源实现了底物分子的三维结构计算、腈水合酶的 二级和三级结构预测、腈水合酶和底物的分子对接以及腈水合酶的计算机定点突变研究。初步实 验结果表明，计算机定点突变技术可以科学、高效地指导蛋白酶的改造过程。 关键词 腈水合酶，分子模拟，计算机定点突变 Molecular Simulation and Computational Site-directed Mutagenesis of a Nitrile Hydratase from Nocardia YU Huimin, SHI Yue, Liu Jie, Peng Baoxiang, Chen Jiaqi and SHEN Zhongyao (Department of Chemical Engineering, Tsinghua University, Beijing 100084, China) Abstact Nitrile hydratase is an important biocatalyst catalyzing the conversion of acrylamide (AM) from acrylonitrile (AN). To improve the thermostability and AM-resistance ability of NHase, molecular simulation and computational site-directed mutagenesis were introduced and carried out. The simulation of 3D structure of AN, the prediction of the secondary and tertiary structure of NHase-YS, the autodocking of the substrate and the enzyme, and the activity-prediction of the protein mutant were accomplished. It can be concluded that bioinformatics is an essential tool for enzyme engineering. Keywords nitrile hydratase, molecular simulation, computational site-directed mutagenesis 引 言 由于腈代谢酶系作为生物催化剂具有反应条件温和、产率高、副产物少、产物的自聚损 失小、环境污染小、成本低，符合绿色化工的发展理念等化学方法无法比拟的优越性，近年 来广泛地应用于氨基酸、酰胺、羧酸及其衍生物的合成。其中，腈水合酶由于能够使丙烯腈 高效地转化为丙烯酰胺，从而使丙烯酰胺的生产技术经历了重大的变革，从传统的化学法发 展为工艺简化，操作条件和环境污染情况极大改善的微生物法。从90 年代初基因工程技术 开始应用于丙烯酰胺生产以来，国内外学者一直致力于不同菌株中腈水合酶基因（也包括腈 水解酶基因和酰胺酶基因）的克隆、序列特性、基因表达调控及结构与功能的深入研究 [1, 2] 。 但到目前为止，腈水合酶的底物识别及分子催化机制等关键问题仍然处于探索和假说阶段。 ∗ 联系人及第一作者：于慧敏，女，31 岁，副教授，博士. 基金项目：国家自然科学基金青年基金项目 ，全国优秀博士学位论文作者专项资金资助项目(200345). Email: yuhm@mail.tsinghua.edu.cn. 1 在以前的研究中，本课题组已经成功地从一株工业应用的诺卡氏菌株的基