DGGE配制.docxVIP

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DGGE配制

1个OD值的Oligo DNA/RNA的重量约为33 μg,而每个碱基的平均分子量一般按330道尔顿进行计算。因此, 合成DNA/RNA的nmol数一般按以下公式粗略地计算。??◇ 如果需要计算合成DNA的精确浓度,请按以下公式进行计算:??◇ 如果需要计算合成RNA的精确浓度,请按以下公式进行计算:???注:这里的OD值是指DNA/RNA制品的总OD值。?引物合成报告单分子量Molecular Weight(MW)①分子量MW=碱基个数×324.5(每个核苷酸的平均分子量)②分子量MW=(A×313.21)+( G×329.21)+( C×289.19)+(T×304.20)-61.97注:A、T、G、C分别代表引物中A、T、G、C四种碱基的个数熔解温度Melting Temperature(Tm)是指DNA的双螺旋结构降解一半时的温度。不同序列的DNA,Tm值不同。Tm值与GC含量和碱基数量成正比关系。引物单上会提供一个高盐浓度的Tm值和 一个低盐浓度的Tm值,是公司让我们在摸索自己的体系的Tm值时有一个大概的范围吧。不过不同生物公司计算Tm值得方法都不一样,要做PCR可以按照后一 个,不过最好是按照自己用软件设计的Tm-(5-10度)来进行PCR。当上下游引物Tm值不同时按照低的引物的Tm值设计退火温度。吸光值Optical Density(OD)表示被检测物吸收掉的光密度。由于核酸在260 nm附近有强吸收,因此常根据此性质,用紫外分光光度计测定核酸溶液在260 nm的吸光度值,据此对核酸进行定量,用OD值来表示。1 OD是指:置于光路长度为1 cm的比色皿中的DNA/RNA溶液,如果其在260 nm处的吸光度值为1,则称1 ml该溶液中溶解的DNA/RNA的量为1 OD。1个OD值的合成DNA/RNA的质量约为33 μg。n moles per OD表示每个OD值的引物中含有X n moles。用于引物稀释时计算引物的终浓度。①引物浓度μM(μ mol / L)= n / V =??μ mol /??L②引物浓度μM(μ mol / L)=(OD值×33 μg / MW)/??L注:V表示加入的无菌TE(pH8.0)或者双蒸水(最好要用调整过pH8.0值的双蒸水)简单的说:若n moles per OD = X,要稀释成10 μM 的终浓度,需要加入的TE或者双蒸水的体积为100X(μL)。纯化方式Purifaction表示引物的纯化方式。一般的引物的纯化方式有如下几种:①C18柱脱盐:又称简易反相柱,它对DNA有特异性的吸附,可以被有机溶剂溶解洗脱,但不会被水洗脱,所以能有效地去除盐分。它不能有效去除比目的片段 短的小片段。实际上,它是一种脱盐的作用。这种方法一般不会对普通PCR反应产生影响。对于需要用于测序、克隆的引物不能使用这个级别。 ②OPC (Oligonucleotide Purification Cartridge)纯化: OPC纯化是根据DNA保护基(DMT基)和树脂间的亲合力作用的原理进行纯化目的DNA片段。OPC法纯化的DNA纯度大于95%。此级别制品可用作 PCR引物、DNA测序引物、各种探针等。该级别只提供长度在35 mer以下的合成DNA制品。序列更长时,制品的纯度得不到保证。③PAGE (Polyacrylamide Gel Electrophoresis)纯化:?PAGE纯化法是使用变性聚丙烯酰胺凝胶电泳,对DNA片段进行分离,然后从凝胶中回收目的DNA的方法。 PAGE纯化法也是一种非常有效的DNA纯化方法,纯化后的DNA纯度大于95%,对长链Oligo DNA (大于45 mer)的纯化特别有效。如订购的DNA欲用作RT-PCR引物、各种探针,或用于PCR克隆测序、定点突变等,请选用PAGE纯化制品。④HPLC??(High Performance Liquid Chromatography) 纯化:HPLC纯化是使用高效液相色谱的原理,对DNA片段进行纯化。纯度可以大于99%。由于制品纯度非常高,使用本法纯化的DNA制品可适用于各种基 因工程实验。特别是:PCR克隆、定点突变、人工合成基因等。不过,本法只对纯化较短序列 (<40 mer)特别有效,合成更长序列 (≥40 mer)时,PAGE纯化要优于单纯的HPLC纯化。尽管对于较长序列 (≥40 mer),PAGE纯化效果要优于HPLC纯化,但如果实验对制品的纯度要求非常高,HPLC与PAGE双重精制会提供更好的制品纯度。该法的弱点是成本 较高,批量生产效率不高。引物的稀释与保存1、引物的稀释一般合成引物总量为2 OD,分装成两管,每管1 OD(一般仅稀释一支,另一支置于-20℃冰箱备用)(1)12000 rpm 离心3-5分钟。

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