单核苷酸多态性及其分析技术研究.pdfVIP

单圭彰备酸多态性及其分析技术 F庆忠韩金祥高雪芹潘继红 (山东省医药生物技术中心) [摘要]：随着整个基因组SNP图谱的完成，SNP将成为遗传学分析、疾病、环境和药物 基因组学的强有力的研究T具，因此对SNP的检测在生物学领域备受关注，对SNP的检测 将是进行基础研究和临床基因治疗的重要手段之一。本文将近两年来国内外经常用于SNP 分析的技术作一简单的综述。 [关键词】： 单核苷酸多态性 分析技术 nucletide 一．SNP的概念：单核苷酸多态性(Singlepolymorphsim，SNP)是由基因组核 苷酸水平上的变异引起的DNA序列多态性，包括单个碱基的转换、颠换、插入和缺失，其 在人群中出现的频率为l～5％。SNP在理论上也存在三等位或者四等位多态性，但是由于很 少能检测得到，因此，SNP一般为二等位型的多态标记。 二．SNP分析的意义：人类基因组计划地完成，标志着人类已经进入后基冈组时代。在 这一时代以基因中个体的差异的研究为重点，而个体差异中最常见的形式为SNP，SNP在 人类基因组中约每l圃墨个碱基就出现一个，总数可达300万个【”。正是这些SNP的变异造 成人类在生理、病理以及疾病表型、对药物治疗的反应等诸多方面或多或少的差异。SNP 的研究对于基因组学研究，定位相关疾病基因，在基因水平了解疾病的发生机制，以及药物 开发“1等方面具有极为重要的意义。 三．SNP分析的技术：作为第三代遗传标记系统的SNP，因其具有分布广泛、遗传稳 定性好、易于基因分型、更适合高通量检出等优点而被广泛应用。目前用于SNP分析的技 术多达几十种，尽管人们对传统的SNP分析技术的不断创新、改进以及对新的SNP分析方 法的不断的探索．到目前为止，还没有一种方法能独立的满足后基因组时代的SNP分析的 要求，本文以下将对近一两年来国内外常用作SNP分析的技术作一综述： 方法为最先应用于SNP分析的技术之一。主要适用于分析位于限制性内切酶位点的SNP。 随着PCR技术的兴起，使得PCR．RFLP在现代SNP分析中得到了更加方便、广泛的应用。 其基本原理为对具有SNP位点的核苷酸片段进行PCR扩增，然后对扩增后的核苷酸片段用 限制性内切酶消化，最后通过凝胶电泳对酶解产物进行分离，从而判断不同的基因型。2004 Avail多态性(rs2239670)与男性酒精中毒之间的关系。 2．DNA芯片技术：DNA芯片又称为电子微阵列或寡核苷酸微芯片，是生物芯片的 一种。该技术是近年来新开发的较有前景的一种DNA序列变异检测工具，其原理是将探针 固相原位合成技术、照相平版印刷技术、高分子合成技术刨定在一狭小的空间内，以实现高 速度、高通量、集约化和低成本的分析技术。近年来，DNA芯片技术成为高通量SNP分析 的最常用的工具之一。Huomg等”1应用电子微阵列技术成功的对血栓遗传病危险因子FVL 的SNP进行了分析：Fraser KA等【5】人利用高浓度(通量)寡核苷酸微阵列技术对13只经典的 和2只野生转化型的近交系小鼠的五个基因组区段的共计4．6Mb的DNA序列进行了分析， 发现了大量的SNP；另外，人们利用PCR产物在微阵列上进行双色杂交反应用于筛选人类 基因组中的疾病相关的SNP标志也有成功的报道[61。DNA芯片技术的发展虽然使得高通量 的基冈分析技术有了相当大的进步，但其昂贵的检测仪器却使其推广受到一定的限制。 3． Performance 变性高效液相色谱技术(DenaturingHigh LiquidChromatography， DHPLC)：DHPLC是最近发展起来的一种新的SNP检测方法，其原理是利用杂合子个体中 的异源双链在部分热变性的条件下，与纯合子在色谱柱内有不同的滞留时间。NieQ等人“1 为了研究小鸡基因的多态性与小鸡的生长发育之间的关系，曾经用DHPLC对小鸡的12个 基因的31897个bp进行分析，结果发现了283个SNP。该方法已经被相关试验”】证实为一 种可靠、高通量的、敏感的、特异的SNP分析技术。DHPLc能够快速准确的筛选大范围的 基因组区域，在SNP的研究中已经得到了成功的应用。