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第31卷 第6期 曲 靖 师 范 学 院 学 报 Vo1.31 No.6
2012年 11月 JOURNALOFQUJINGNORMALUNIVERSITY NOV.2012
一 化学研究
DNA碱基 甲基化对碱基 间相互作用和 DNA构象
以及 DNA一蛋 白质结合的影响
杨 思娅 ,姚 立峰,余仕 问,林 雪飞
(曲靖师范学院 化学化工学院,云南 曲靖 655011)
摘 要:比较 了采用量子化学从头算方法(abinitio)计算的非甲基化一甲基化DNA碱基间的氢键和
堆积作用 .结果表明,碱基甲基化损伤减弱了碱基间的氢键作用能,但使堆积作用能增大 .应用 自然键
轨道(NBO)理论,分析了采用M062x/6—31+G(d,P)算法优化的C 一甲基胞嘧啶(C 一MeC)和 O。一
甲基乌嘌呤(O。一MeG)与非甲基化碱基间的氢键结构.NBO分析揭示,甲基插入0 一G,改变了授受体
作用方式,产生的空间障碍使cis一0。MeG…C的N (G)…HN (c)的距离增大,n 。、的电荷迁移能力
减小,导致cis一0。MeG…C的氢键作用能小于 anti一0。MeG…C.采用分子动力学方法 (MD)模拟 了
IBRCA基因启动子区富CpG序列中12mer的寡聚体,分析 了CpG甲基化 (mCpG)对DNA双链体构象的
影响 .结果表明,不同位点的mCpG,对DNA双链体平面内的碱基对结构基本没有影响,但CpG段的堆
积结构参数以及DNA大小沟的宽度和深度发生了不同程度 的改变.还进一步分析了mCpG对K50型
同源域转录因子PITX2与DNA相互作用的影响.得到的结论与文献基本一致.
关键词:DNA;甲基化;NBO;CpG;分子动力学
中图分类号:0648.12 文献标识码 :A 文章编号:1009—8879(2012)06—0094—16
特别是环上的氮、氧原子 (见图1).根据烷基化
1 DNA碱基烷基化损伤和 C 一胞嘧啶 试剂进攻的机理,可 以把 DNA碱基烷基化分为
甲基化 SN1和 SN2两种类型 .实验表明,甲基化试剂
MMS(SNI型)或 MNU(SN2型)与 DNA双链体
DNA常常会受到细胞内外的化学品修饰而 作用时,有 70—80%的甲基化损伤发生在鸟嘌
发生共价型改变,烷基化试剂就是这样一种化学 呤7一N位和磷酸盐骨架的氧原子 J,这种损伤
品.它们可存在于环境之中,如甲基硝基亚硝基 不改变 DNA的构象并能 自发切除_4J,对生物有
胍(MNNG)、甲磺酸甲酯 (MMS)以及甲基亚硝基 机体无太大伤害 .在DNA双链体中,N一甲基腺
脲 (MNU);或存在于细胞 内,如甲基授体 s一硫 嘌呤 (N一McA)是第二种最丰富的烷基化损伤,
代 甲腺苷 (AcloMet).当这些烷基化试剂进攻 这种损伤可以阻止 DNA复制,但能够被大肠杆
DNA碱基或磷酸酯骨架时可 以引发各种类型的 菌(E.coli)中的酶AlkA和3一甲基腺嘌呤一DNA
DNA损伤 ¨ J,这些损伤大多数会致细胞突变或 糖基化酶清除 。。J.还有一类是N。一甲基腺嘌呤
使细胞中毒,从而导致人体的各种疾病.其中, (N6MeA)和 N一甲基胞嘧啶(N一MeC),由于
DNA碱基的甲基化损伤是 目前研究得最多的一 甲基插入到环外氨基氮原子上,对 DNA的标准
种烷基化损伤. Watson—Crick(WC)构象只有很小的影响,一般
由于DNA的特殊结构,DNA碱基杂
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