拮抗菌与病原菌碳水化合物酶类比较分析研究.pdfVIP

基因组学与应用生物学，2013年，第 32卷，第 1期，第 97—104页 GenomicsandAppliedBiology,2013，Vo1．32，No．1，97—104 数据分析 DataAnalysis 拮抗菌与病原菌碳水化合物酶类 比较分析 柳少燕 1陈捷胤-0 李蕾 1戴小枫 1中国农业科学院农产品加工研究所，北京，100193；2中国农业科学院作物科学研究所，北京，100081 通讯作者，dxf@caas．net．cn 摘 要 拮抗菌通过分泌细胞壁降解酶降解病原菌细胞壁组分是其重要的拮抗方式。本研究以2个拮抗菌 (绿色木霉和枯草芽孢杆菌)和7个植物病原菌为研究对象，对碳水化合物酶类CAZymes(Carbohydrate．active enzymes)进行了注释和比较分析，明确了拮抗菌相对于病原菌发生扩增的细胞壁降解酶亚家族；利用 ClustalX2．0多序列比对、Mega4．0构建系统发育树和MEME软件预测保守基序的方法，分析了扩增亚家族的 序列结构和进化特征。结果表明，拮抗菌中可能参与病原菌细胞壁降解酶类的亚家族CBM50、GH25和GH73 发生了显著扩增，并通过序列比较和进化分析初步明确了扩增的亚家族与拮抗菌特异降解病原菌细胞壁组分 之间存在关联，为拮抗菌细胞壁降解酶类亚家族CBM50、GH25和GH73参与拮抗的分子机理提供理论依据。 关键词 生物防治，拮抗菌，病原菌，细胞壁降解酶，基因家族扩增 ComparativeAnalysisoftheCarbohydrate—activeEnzymesbetweenAntag— onisticM icroorganism andPlantPathogen LiuShaoyan ChenJieyin1,2 LiLei DaiXiaofeng1,2 1InstituteofAgro—ProductsProcessingScienceandTechnology，ChineseAcademyofAgriculturalSciences，Bering，100193；2InstituteofCropSci— ence，ChineseAcademyofAgriculturalSciences，Beijing，100081 Correspondingauthor．dxf@caas．net．cn DOI：1O．3969／gab．032．000097 Abstract Theimportantway ofantagonisticmechanism in antagonisticmicroorganismsisto degradethe pathogencellwallbysecretedcell-wallrelatedenzymes．Inthisresearch，theCAZymesoftwoantagonisticmi— croorganismsandsevenpathogenswerenanotatedwitl1CAZymesdatabase．andthen identifiedhteexpansion CAZymessubfamiliesinantagonisticmicroorgna ismscomparedtopathogens．M oreover，thesequencescharacter- isticnadphylogeneticofexpansionCAZymessubfamilieswereanalyzedbyClustalX 2．0．M ega4．0nadMEME softwares．Theresultsshowedthatthecellwalldergadationsubfma iliesofCBM 50，GH25andGH73expnadedin antagonisticmicroorganismscompraedtopathogens，andtheseexpnasionsubfma ilieswerecloserelativelytothe specificdergadationofpathogencellwal1．ItissupposethattheCBM50，GH25nadGH73subfamiliesofantago- nisticmicroorgna ismsplayallimportantroleintheantagonisticmechanism topathogens． Keywords Biologicalcontrol，Antagonisticmicroorganism，Pathogen，Cellwalldergadation enzymes，Gene fm