蛋白质相互作用网络进化分析研究进展精选.pdfVIP

生物化学与生物物理进展 Progress in Biochemistry and Biop hys ics 2009, 36(1): 13~24 蛋白质相互作用网络进化分析研究进展* 中扬1,2) 李 栋1,2) 朱云平1,2)** 贺福初1,2)** 1) 2) ( 蛋白质组学国家重点实验室，北京蛋白质组研究中心，北京102206； 北京放射医学研究所，北京 100850) 摘要 近年来，随着高通量实验技术的发展和广泛应用，越来越多可利用的蛋白质相互作用网络数据开始出现 这些数据为 进化研究提供了新的视角 从蛋白质、蛋白质相互作用、模体、模块直到整个网络五个层次，综述了近年来 白质相互作用 网络进化研究领域的主要进展，侧重于探讨蛋白质相互作用、模体、模块直到整个网络对蛋白质进化的约束作用，以及蛋白 质相互作用网络不 于随机网络特性的起源和进化等问题 总结了前人工作给学术界的启示，探讨了该领域未来可能的发展 方向 关键词 白质相互作用网络，进化，生物信息学 学科分类号 Q51，Q11 DOI: 10.3724/SP.J.1206.2008.00393 [1] 正像Dobzhansky 的著名观点所述 ， “除了进 作用、模体(motif)、模块(module)直到整个网络 化的光亮外，没有其他东西能使你明白生物学 ” 其中，模体和模块都是由多个蛋白质及其相互作用 自20 世纪中叶沃森和克里克提出DNA 双螺旋模 组成的 前者一般包含3～5 个 白质，而后者更 型以来，分子生物学的迅速发展使人们能够从复杂 大一些，它可能包含模体作为其结构成分 本文试 细胞 型下的微观分子层次探索生物进化过程 图从以上五个层次对近年来出现的蛋白质相互作用 1990 年启动人类基因组计划，海量基因组数据涌 网络进化研究工作做一综述，并对相关问题展开讨 现，生物信息学应运而生 世纪之交，人类基因组 论 侧重于探讨两个基本问题：a 蛋白质相互作 计划宣告完成，后基因组时代到来 与此 时，随 用、模体、模块直到整个网络对蛋白质进化有无约 着高通量实验技术的发展，转录组、蛋白质组、代 束作用，如果有，又是怎样的约束作用? 从进化的 谢组以及相互作用组等组学数据也开始大量出现， 角度，相互作用 白质或模体、模块成员蛋白质是 系统生物学被适时提出 系统生物学的目的在于从 否趋向具有相 的性质? b 为什么 白质相互作 系统水平来理解生物学系统，即在细胞、组织、器 用网络存在不 于随机网络的无尺度、层次模块化 官和生物体整体水平上研究结构和功能各异的生物 等特性，这些特性是如何起源和进化的? 大分子及其相互作用，并通过生物信息学和计算生 另外，目前可被称为 白质相互作用的蛋白质 物学来定量阐明并预测生物功能、 型和行为[2] 间关系至少有两种 第一种就是被研究最多的直接 系统生物学的产生和发展，为进化研究提供了新的 物理相互作用 第二种是间接相互作用，也即功能 视角 关联，比如 STRING 库就收录了这种间接相互作 近年来，随着酵母双杂交、基于质谱的串联亲 用[3] 本文的综述范围主要集中在第一种 和纯化等高通量实验技术的发展和生物信息学在 白质相互作用预测领域的广泛应用，人们得到了越 * 国家重点基础研究发展计划(973)(2006CB9 10803, 2006CB9 10700), 来越多可利用的 白质相互作用网络数据 作为系 国家高技术研究发展计划(863)(2006AA02A3 12)和国家自然科学基 统生物学的一个重要研究内容，蛋白质相互作用网 金资助项目.