烟草cDNA文库序列分析和管理系统软件的开发..docx

烟草cDNA文库序列分析和管理系统软件的开发.　　摘要通常在构建烟草cDNA文库的过程中，往往需要处理大量DNA序列的测序结果，并且根据结果进行相关的序列分析和管理。开发相应的管理分析软件，直接读取相应的测序报告文件，将结果储存于数据库当中，并且使用相应的工具进行剪切分析。该软件通过对序列的直接管理和辅助分析，提高了整个实验过程的效率。关键词烟草cDNA文库生物信息核酸序列数据库本研究受云南省烟草公司科技开发项目[03A01]资助。通过使用抑制性扣减杂交技术得到构建了包括云烟85在内的抑制性差减杂交文库。将得到的cDNA片断序列进行测序后，需要对序列本身进行分析，包括剪切、分析和比对。本软件的设计旨在对得到的cDNA文库中的若干序列进行管理，并且进行相应的辅助分析。1序列分析和管理系统的需求分析1.1系统的设计目的主要是对建立的cDNA文库本身的序列在计算机内进行方便的管理，并且能够对每条序列进行辅助分析。1.2本系统主要实现的基本功能：1.2.1cDNA文库组的管理主要是包括cDNA序列的分类管理。通过对数据库内的DNA序列按照不同的实验进行分组，本系统可以储存和管理不同实验下构建的cDNA文库，并且可以存储相关试验的信息，以便查阅和参考。对于文库组管理的主要功能是可以添加修改组的名称和内容。1.2.2cDNA序列的管理功能对于cDNA序列的管理主要包括对于数据库中的序列和相应的信息进行添加、编辑、删除和查询。在添加功能上，既可以人工输入相应的序列，又可以直接从测序文件中直接读取序列数据，而且具有批量读取序列的功能。通过对编辑功能的实验可以修改序列本身已经相应的信息。通过删除功能可以去除不必要的序列。通过各种条件可以查询到相关的序列。1.2.3序列的分析功能在对序列进行分析过的过程主要实现以下几个方面的功能：根据相应的引物自动剪切序列：通过给出序列首尾连接的两条引物，可以定位引物之间所测的cDNA序列。并且可以由此判断该序列是引物的正链或是互补链。进行远程的blast。在对序列进行分析的时候，在NCBI进行blast是必要的，本系统将自动提交序列到远程的NCBI核酸数据库进行比对，并获得比对报告。关于相应ABI测序文件图谱的分析。通过对ABI文件的解析，获得相应的测序图像，根据图像进行分析，由此对所测序列进行分析。1.2.4其他功能主要包括序列本身的辅助编辑功能，即包括直接的定位查找，显示出该条序列的大小，查看该序列的互补链，查找某段序列的位置，还有序列的导出功能，可以将相应所选的序列批量生成文本文件。1.2.5数据库的设计数据库的设计主要包括实验组表和序列表和两个部分。其中实验组表主要存储有关同一组cDNA文库的相关信息，包括改组实验的名称、内容、相关人员等。序列表则是储存相应的DNA序列的信息，主要包括序列本身已经相关的分析结果，包括blast结果以及测序文件的内容。2序列分析和管理系统的开发原理2.1系统特点及开发环境本系统主要采用的是微软公司的.NET技术构架。微软的.NET构架是新一代的计算机编程语言，采用.NET作为软件的开发环境，不仅可以使其能拓展强大的网络功能，而且在面向对象编程、数据库处理、多层应用程序开发等都提供了非常重要的特性，使得.NET成为拓展功能更为强大的语言，同时.NET的平台为软件的开发和部署提供了强大功能，包括程序设计语言和平台的无关性。因为.NET的这些特点，使得VisualBasic.NET成为本系统的主要开发语言。以下就是本系统所采用的开发平台：开发语言：VisualBasic.NET数据库的连接：AOD.NET数据库：access2.2ADO.NET访问数据库的原理与数据库相连，ADO.NET提供了如下3种方式：通过ODBC相连；通过OLEDB相连；直接与数据库相连。3种方式由于应用层次的差异，使得效率由低到高，独立性由高到低。对于相连数据库的数据处理，也有2种方式，一种是通过DataSet来隔离异构的数据源，另一种是以流方式从数据源读取。传统的应用程序是通过先建立到数据库的连接，在程序的整个运行过程中维护连接的方式来设计的。ADO.NET的另一个创新是引入了数据集。一个数据集是内存中提供数据关系图的高速缓冲区。数据集对数据源一无所知，它们可以由程序或通过从数据仓库中调入数据而被生成、填充。不论数据从何处获取，数据集都是通过使用同样的程序模板而被操作的，并且它使用相同的潜在的数据缓冲区。3系统的具体功能设计烟草基因序列数据库管理系统主要通过四个大的功能模块实现的，包括：实验组的管理模块、序列的管理模块、辅助编辑模块、辅助分析模块以及系统维护模块。表1系统硬件要求　　3.1本系统的运行环境要求本系统的硬件要求如表1所示：操作系统：可在Windows2000、NT4.0、Me和Windo