生物芯片与高通量测序技术_20120604.pptVIP

生物芯片与高通量测序技术;基因组学技术发展时间表;生物芯片是传统点杂交技术的高通量革命！ 是把大量已知序列探针集成在同一个基片上, 经过处理和标记的若干靶核苷酸序列与芯片特定位点上的探针杂交, 通过检测杂交信号, 对生物细胞或组织中大量的基因信息进行分析;芯片与高通量测序是两种重要的高通量基因组学研究技术, 对于揭示基因组的结构与功能已经并正在发挥重要的作用.;研究层次;NATURE METHODS | VOL.6 NO.5 | MAY 2009;二轮放大之后的样品分别采用：芯片、测序和Taqman探针法进行检测。;以生物学材料作为实验对象，对样品本身的真实情况缺乏客观评估。 该项研究利用人工合成的microRNA pool比较芯片与高通量测序检测microRNA的定量效果和发现新信息的能力。;但两种技术显示出较高的相关性 R=0.93;Mapping/Alignment De novo assembly;测序的发展对计算和数据分析提出了挑战; 芯片是一个封闭的检测系统，只能检测已知的信息； 测序是一个开放的发现系统，可以发现新的信息； 芯片平台经过了近20年的发展，具有完整成熟的质控标准和分析手段； 测序系统的数据质控标准和分析方法有待更完善和标准化 芯片平台比较稳定，在检测上与Realtime吻合性较高， 测序平台准确性正逐步提高，并且对于检测极低丰度转录本或低频SNP位点具有优势 芯片数据分析PC机可以完成， 测序分析需要“高性能计算+高速网络+高效能存储”整套解决方案 ; 芯片在Targeted Sequencing中发挥作用 二代测序获得许多未知序列物种信息，利用芯片可以进行大量样本研究 ;Targeted Sequencing;;应用案例二：;Nicholas AK, Khurshid M, Désir J, Carvalho OP, Cox JJ,Thornton G, Kausar R, Ansar M, Ahmad W, Verloes A,Passemard S, Misson JP, Lindsay S, Gergely F, Dobyns WB, Roberts E, Abramowicz M, Woods CG. WDR62 is associated with the spindle pole and is mutated in human microcephaly. Nat Genet, 2010, 42(11): 1010–1014. Sun Y, Almomani R, Aten E, Celli J, van der Heijden J, Venselaar H, Robertson SP, Baroncini A, Franco B, Basel-Vanagaite L, Horii E, Drut R, Ariyurek Y, den Dunnen JT, Breuning MH. Terminal osseous dysplasia is caused by a single recurrent mutation in the FLNA gene. Am J Hum Genet, 2010, 87(1): 146–153. Nikopoulos K, Gilissen C, Hoischen A, van Nouhuys CE, Boonstra FN, Blokland EA, Arts P, Wieskamp N, Strom TM, Ayuso C, Tilanus MA, Bouwhuis S, Mukhopadhyay A, Scheffer H, Hoefsloot LH, Veltman JA, Cremers FP, Collin RW. Next-generation sequencing of a 40 Mb linkage interval reveals TSPAN12 mutations in patients with familial exudative vitreoretinopathy. Am J Hum Genet, 2010, 86(2): 240–247. Rehman AU, Morell RJ, Belyantseva IA, Khan SY, Boger ET, Shahzad M, Ahmed ZM, Riazuddin S, Khan SN, Riazuddin S, Friedman TB. Targeted capture and next-generation sequencing identifies C9orf75, encoding taperin, as the mutated gene in nonsyndromic