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基于全基因组和转录组分析的赤芝密码子使用偏好性比较研究
·1340 · 药学学报 Acta Pharmaceutica Sinica 2014, 49 (9): 1340−1345
基于全基因组和转录组分析的赤芝密码子使用偏好性比较研究
1† 1† 1 1* 1, 2
朱孝轩 , 朱英杰 , 宋经元 , 孙 超 , 陈士林
(1. 中国医学科学院、北京协和医学院药用植物研究所, 北京 100193;
2. 中国中医科学院中药研究所, 北京 100700)
摘要: 密码子使用偏好性是物种在遗传信息传递过程中的一个重要特点, 分析物种的密码子使用偏好性对
于了解该物种遗传信息的传递规律具有重要意义。原有的密码子偏好性分析主要基于全基因组数据完成, 然而
由于目前可获得的高等生物全基因组数据有限, 使得密码子偏好性分析受到了极大的限制。本研究通过分析赤芝
[Ganoderma lucidum (Curtis: Fr.) P. Karst] 全基因组及其液体培养菌丝、原基和子实体大规模转录组数据, 发现基
于全基因组和转录组数据分析获得的所有氨基酸的最优密码子完全一致。以上研究结果表明, 利用大规模转录
组数据代替基因组数据分析物种密码子使用偏好性具有可行性。通过计算 26 个赤芝萜类合酶 (terpene synthase,
TS) 编码基因中大肠杆菌和酿酒酵母稀有密码子所占比例, 发现酿酒酵母稀有密码子在赤芝 TS 基因中所占比例
较高, 而大肠杆菌稀有密码子所占比例相对较低, 表明赤芝 TS 基因更难以在酿酒酵母中进行表达。参照酵母最
优密码子, 利用化学方法全合成 TS 基因将是解决外源基因与底盘系统密码子不匹配问题的有效手段。
关键词: 赤芝; 基因组; 转录组; 密码子偏好性
中图分类号: R931 文献标识码: A 文章编号: 0513-4870 (2014) 09-1340-06
Comparative studies on codon usage bias of Ganoderma lucidum
based on analysis of genomic and transcriptomic data
1† 1† 1 1* 1, 2
ZHU Xiao-xuan , ZHU Ying-jie , SONG Jing-yuan , SUN Chao , CHEN Shi-lin
(1. Institute of Medicinal Plant Development, China Academy of Medical Sciences and Peking Union Medical College, Beijing
100193, China; 2. Institute of Chinese Materia Medica, China Academy of Chinese Medical Sciences, Beijing 100700,
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