第三章-计算机分子模拟简介2011.pptVIP

* 三唑类化合物 对涉及到电荷转移的化学性质， 催化反应、基团间的成键情况，反应活性等等，需要量子化学计算。 几个，几十个，最多上百个的量子化学计算。 * 量子力学只能处理最多上百个原子的计算，再大成百、上千个分子的体系呢？？比如：分子的扩散？？？ 对于较大的体系，我们可以不考虑电子的变化，将电子和原子核（原子）看成一个整体对待。 * 量子力学只能处理最多上百个原子的计算，再大成百、上千个分子的体系呢？？比如：分子的扩散？？？ 对于较大的体系，我们可以不考虑电子的变化，将电子和原子核（原子）看成一个整体对待。 * 对于更大体系的层次（成千上万个原子），如聚合物和生物大分子等处于介观层次， 对于介观层次的计算，仅仅像统计力学层次那样从一个原子出发计算量仍然非常大，非常困难，那我们怎么办？？我可以先提示一下，我们可以对分子进一步化简，将一个个基团（如甲基等）看成一个单元来处理（这叫粗粒化技术），后面我们还要细将。 * 现在同学们可能有一个问题？对于大体系，我又想精确研究怎们办？比如病毒、DNA，对于某些问题，我想用量子化学方法研究，但又太大了，怎么办呢？ 别急！我们仍有办法解决。 那就是对接技术。 就是对局部感兴趣的地方我们用高精度的量子化学方法，对于不重要、不敢兴趣的地方用运算量小的统计力学方法。 * 折合质量 * 在经典力学中，一个运动系统的状态我们可以用位置和动量来描述。 而对于微观粒子，由于其具有波粒二象性的特点，我们用波函数描述微观粒子运动状态。 知道了波函数后，粒子的任何一个力学量的平均值以及它取各种可能测量值的几率都完全确定，力学量的平均值就可以求出来了。 * 次年Kohn 和Sham受Hartree 自洽场方法的启发，导出了KS方程, 求解该方程可以得到KS“轨道”。该轨道不同于HF 中的分子轨道， 但至今二者之间的关系尚不明了。KS 方程中的“交换 - 相关” (exchange-correlation) 泛函必须通过近似方法确定，最简单的近似是局部密度近似( local density approxima-tion , LDA)， 更准确的方法包括加入密度梯度校正( generalized gradient approximation , GGA) 以及采用经验内插的混合方法，如B3L YP。 * 次年Kohn 和Sham受Hartree 自洽场方法的启发，导出了KS方程, 求解该方程可以得到KS“轨道”。该轨道不同于HF 中的分子轨道， 但至今二者之间的关系尚不明了。KS 方程中的“交换 - 相关” (exchange-correlation) 泛函必须通过近似方法确定，最简单的近似是局部密度近似( local density approxima-tion , LDA)， 更准确的方法包括加入密度梯度校正( generalized gradient approximation , GGA) 以及采用经验内插的混合方法，如B3L YP。 * 次年Kohn 和Sham受Hartree 自洽场方法的启发，导出了KS方程, 求解该方程可以得到KS“轨道”。该轨道不同于HF 中的分子轨道， 但至今二者之间的关系尚不明了。KS 方程中的“交换 - 相关” (exchange-correlation) 泛函必须通过近似方法确定，最简单的近似是局部密度近似( local density approxima-tion , LDA)， 更准确的方法包括加入密度梯度校正( generalized gradient approximation , GGA) 以及采用经验内插的混合方法，如B3L YP。 * * 前线轨道理论认为反应物间的相互作用仅发生在分子的前线轨道之间，因此为分析缓蚀剂在金属表面的吸附行为， 必须考虑分子的最高占有轨道（HOMO）和最低未占轨道（LUMO）。 1、分布中心相同，说明活性区域集中在头部； 2、链长影响。分子碳链长度对分子的整体反应活性和活性区域分布基本不产生影响。 分子的全电子密度 Fukui指数可描述分子中各原子的活性强弱 提出了指数的概念，局部反应活性通过Fukui指数来分析，该指数不仅可测定分子的反应活性位点和强弱，同时还可以确定活性位点的亲核或亲电特性。 咪唑环和极性官能团上的3个N原子为亲电反应中心，可提供电子与金属表面形成配位键；咪唑环上成双键结构的C、N两原子为亲核反应中心，可接受金属表面提供的电子形成反馈键。 活性分析和预测吸附形态 * (这里的“大”是个相对概念， 随着时间推移而递增) 如一般用谐振动表达的键拉伸(bond stretching) 和键角弯曲(angle bending) ， 用余弦函数线性组合表达的扭曲( tor