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基因芯片技术简介 宝生物工程（大连）有限公司 讲 座 内 容 Ⅰ）基因芯片概况 Ⅱ）基因芯片技术基本程序 Ⅲ） TaKaRa基因芯片系列产品 及基因芯片技术服务 Ⅰ）基因芯片概况 一、起源和发展 二、概念和原理 三、特点 四、制造方法和分类 高通量、并行性、微型化、自动化 1995年10月斯坦福大学公布第一张微阵列芯片 1999年11月TaKaRa推出商品化微阵列芯片 基因芯片(DNA Chip或DNA Microarray)是指按特定的 排列方式，高密度固定大量基因DNA片段的载玻片等。 基本原理为碱基互补杂交的原理 基因芯片 技术 Cell Technology 19 (1999) (modified) Back 基因芯片制造方法 1.直接合成法 ●固定Oligo DNA (Oligo DNA Chip) 2.点样法 ●固定cDNA (cDNA Chip) ●固定Oligo DNA (Oligo DNA Chip) 在载玻片等基片上直接合成（使用光刻合成法）。 使用点样仪直接点样于载玻片上，进行固定化。 TaKaRa DNA CHIP “IntelliGene” Affymetrix公司 GeneChip 基因芯片分类 芯片 点样制造的芯片 原位合成的芯片 Ⅱ）基因芯片技术基本程序 一、点样用DNA样品准备 二、使用点样仪将DNA样品点样到基片上制成芯片 三、检测样品RNA的荧光标记、杂交 四、使用扫描仪得到扫描图像 五、使用专业软件将信号数值化和数据解析 基因芯片技术基本程序 制作cDNA Library DNA片段准备 各种生物 mRNA ORF DNA DNA Chip 用 Sample Stock DNA Chip 制作 DNA Chip 图像扫描 扫描图像数值化 Data mining 各种生物组织、 菌体、细胞 Total RNA or mRNA 提取 荧光标记 Hybridization TaKaRa DNA CHIP “IntelliGene” Affymetrix 417 Arrayer Affymetrix 428 Array Scanner Labeling Core Kit TaKaRa Spaced Cover Glass 5x Competitor ImaGene GeneSight TaKaRa-Hubble Slide Glass 各种生物 已知基因序列 设计、合成相应的Oligo DNA 数据归一化、差异分析 DNA Chip点样用样品准备 以cDNA Library or Genome为Template 使用PCR或ICAN方法 进行DNA 的大量扩增 DNA扩增产物的纯化 DNA 扩增结果检测 （电泳、收量测定、测序等） DNA Chip用点样板制作 （浓度调整、样品排列、添加对照样品、添加点样Buffer） cDNA Chip Oligo DNA Chip 设计、合成相应Primer 设计、合成相应的Oligo DNA 从DataBase(NCBI、NIH、UniGene等)获得基因情报(Sequence、Annotation等) Back 点样仪 Affymetrix 417 Arrayer 使用Pin Ring法 ： 点样准确性高 (150μm±10%）点样速度快（4 spots / sec.） Spot 例： 直径-150 μm 间隔-300 μm 400 Spots PinRing（Affymetrix） 用Ring取液，用Pin迅速点样，点的规整性、重复性好 清洗 真空干燥 取样 点样 Affymetrix 417 Arrayer 点样流程 DNA在基片上的矩阵排列 玻璃基片分类 1.氨基化表面 适合于PCR扩增的DNA片段。 如：日本松浪公司Slide Glass等。 2.醛基化表面 适合于氨基修饰的Oligo DNA或附带氨基的PCR扩增片段。 3.酯基化表面 适合于氨基修饰的Oligo DNA或附带氨基的PCR扩增片段。 如：TaKaRa-Hubble Slide Glass等。 DNA在基片上的固定化方法 1.氨基化表面的基片通过静电作用、UV照射与DNA结合 NH2 Coated Glass DNA O P O O O B O O B O O NH2 2.醛基化表面的基片通过共价键与附带氨基的DNA结合 Aldehyde group conjugated glass CHO CH=N-DNA Amino-linked DNA R 3.酯基表面的基片通过共价键与附带氨基的DNA结