基于R的物种生态位进化分析-phylodiversitynet.PDF

基于R的物种生态位进化分析 —— 内容与方法 张金龙 2010-11-04 报告内容 • R与系统发育比较分析 • 进化树与物种分布模型 • 祖先性状重建 • 生态位重叠及检验 • 相应程序包 系统发育比较方法 • 随着分子生物学和生物信息学的发展，已经有众多的方法使得人们可以利用 DNA序列的异同来推断物种间的进化关系。 • 物种生态学特性各不相同，在不同尺度，通过多种生态学关系相互作用。这 些特性与生态学关系，与系统进化有何关系？ • 进化树物种的系统发育关系不同，在生态学中已经可以开始考虑。 • 系统发育比较方法（phylogenetic comparative methods）是整合进化、物种 性状、物种分布、环境因子等因素，从时间和空间尺度对物种多样性格局及 进化机制进行分析的交叉领域，是当前生态学与进化生物学研究的热点之一。 系统发育比较分析的内容 • 祖先状态重建 通过进化树每个末端分类单元的状态，推断进化树上各祖先节点的状态。 • 系统发育独立比较 如PIC （Phylogenetic independent contrast） • 群落系统发育结构 从物种的系统发育关系，推断群落的物种共存机制。 • 大尺度物种生态位分化 通过推断物种分布适应性的进化关系，推断大尺度物种多样性格局的成因。 • 进化过程的生态学因素 某一类群物种分化的格局及其生态学成因。 R软件系统发育分析程序包 • Phylogenetic comparative methods • 程序包： ape 系统发育比较分析 ade4 利用欧几里得方法进行生态学数据分析 geiger 系统发育比较分析 picante 群落系统发育 phangorn 系统发育比较分析 ouch 系统发育比较分析 phyloclim 物种祖先生态位的重建及显著性检验 生态位进化分析 • 核心内容 研究气候适应性在不同分支类群中的变化及其成因，结合地质历史变迁，从 进化角度对物种多样性的成因给出解释。 • 为什么开展相关研究？ (1) 从进化的角度解释物种分布格局。 (2) 从生态学的角度分析物种起源和分化的规律。 进化树 • 进化树又称系统树，是表达类群间系统发育关系的树状图。 建立进化树-获取序列 • 获取DNA序列的两个途径: • 1 测序 取样PCR(克隆)测序序列拼接 • 2 下载 GeneBank下载，Phylota下载 举例: ape程序包下载序列 library(ape) read.GenBank() 建立进化树-简要流程 • 比对 MUSCLE, CLUSTAL • 建树 极大似然法 PAUP*, PHYML, RAxML ... 贝叶斯法 MrBayes, BEAST... 最大简约法PAUP* • 其他方法主要基于距离: Neighbour Joining NJ法、ME法, UPGMA方法等。 建立的进化树拓扑结构可靠性检验Bootstrap。 • 时间校正 获得的非等距树需要经过非参数速率平滑(NPRS)或似然罚分法(PL)转换 成等距树。r8s, ape • chronopl() 进化时间校正 • 左图