[理学]生物信息学概论-1.pptVIP

基因组超大量的序列和结构数据 ? ？重大的发现 第四次科学浪潮？ 生物信息学是生命科学与信息技术交叉融合的新学科，也是当今全球最具发展前途的学科之一。 When I give talks to young scientists seeking advice about areas of future intense scientific excitement, computational biology is my number one recommendation. Francis Collins, Director of HGP at NIH 生命科学已从一种以实验为基础的科学转向以信息为基础的科学，其成功将大大依靠信息科学与生命科学的联姻、依赖于生物信息技术的发展。 基因信息现在正推动着生物制药革命。破译人类基因组给我们带来了打开这个星球上最有价值的图书馆的钥匙，但我们现在阅读这些图书还处在非常初级的水平，科学家的下一步工作将是如何把信息从这些图书中挖掘出来。 目前美国缺少有能力阅读这部人类基因“天书”并使用其中信息的人。这个领域有非常多的机会，有非常大的需要。据估计，这一领域所需要的研究人员数量将是现有人数的50倍。培养这种人才就像破译人类基因组一样重要。 Eric Lander, 2002 生物信息学研究的意义（续） 应用价值：在生物医药研究和生物技术相关产业（生物制药、农、林、牧、渔、环保等）的发展中将发挥越来越重要的作用。 产业潜力：自身产业发展潜力很大：1997年1.5亿美元，1998年2.7亿美元， 1999年4.6亿美元，2000年已达7.4亿美元；预测2010年将达千亿美元。 例子：只有50名员工的德国Lion生物信息学公司，将通过扫描公共数据库中的序列来发现500个可能的药物作用靶点，以一亿美元的价格预售给德国Bayer公司。 竞争优势：拼的是人才智力，是我国赶超世界发达国家最有希望的领域之一，是我国重点支持的方向之一。 * 美国陆军部于1942年6月开始实施的利用核裂变反应来研制原子弹的计划，亦称曼哈顿计划。六十年代初,美国宇航局提出了“阿波罗登月计划” * 染色体的DNA分子中含有四种核苷酸，核苷酸排列顺序的不同决定了遗传信息的差异。人的生、老、病、死归根结底都与基因和染色体相关。人体基因组图谱好比是一张能说明构成每一个人体细胞脱氧核糖核酸（DNA）的30亿个碱基对精确排列的“地图”。这些碱基对以一种特殊方式排列形成人体的10万个基因，基因又成为制造蛋白和化合物的蓝图，蛋白和化合物则负责指导人体细胞和器官的形成和运作。科学家们认为，通过对每一个基因的测定，人们将能够找到新的方法来治疗和预防许多疾病，如癌症和心脏病等。从理论上讲，如果掌握了所有基因上核苷酸分布的详细情况，关于人类生长、发育、衰老、遗传病变的秘密都将随之揭开，科学家将拥有新的“武器”来征服癌症、艾滋病、肝炎、肺结核和阿尔茨海默氏症等。 * 在人类基因组计划中，还包括对五种生物基因组的研究：大肠杆菌、酵母、线虫、果蝇和小鼠，称之为人类的五种“模式生物”。 * * * 各种专业研究机构和公司如雨后春笋般涌现 生物科技公司和制药工业内部生物信息学部门的数量与日俱增 即使象美国这样的发达国家也面临生物信息人才匮乏的局面 许多大学和研究机构已经成立自己的生物信息学中心 1999年美国NIH专家委员会又建议迅速在大学和研究机构中建立20个生物计算中心，给予每个中心每年800万美元的支持，从事有关研究和人才培养 英国所有主要研究资助机构达成共识，认为应高度优先满足对生物信息学技术的需求，并已实现对相关人才培养的大力资助 第三节 生物信息学主要研究内容 1、 生物分子数据的收集与管理 2、 数据库搜索及序列比较 3、 基因组序列分析 4、基因表达数据的分析与处理 5、蛋白质结构预测 6、生物信息学的应用 分子生物学数据库 种类 核酸序列数据库 蛋白质序列数据库 生物大分子数据库 特点 数量： 1000个 通常可通过WEB进入 大小： 10 Kb ~ 10Gb 更新频率：每天 ～ 每年 基因组 数据库 蛋白质 序列 数据库 蛋白质 结构 数据库 DDBJ EMBL GenBank SWISS-PROT PDB PIR 核酸序列数据库 欧洲分子生物学实验室的EMBL http://www.embl-heidelberg.de 美国生物技术信息中心的GenBank /Web/Genbank/index.html 日本遗传研究所的DDBJ http://www.ddbj.nig.ac.jp 蛋白质序列数据库 PI