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生成.phb文件 操作…. Part II 流程:1)ClustalX多序列比较; 2)用MEGA程序转换格式; 3)选择构建方法; 4)MEGA查看. For example… 方法(2) 仍然进行多序列比对,获得.aln文件 方法(2) 生成.MEG文件 方法(2) 方法(2) 方法(2) 方法(2) 方法(2) * * * * * * * Bacterium 1 Bacterium 3 Bacterium 2 Eukaryote 1 Eukaryote 4 Eukaryote 3 Eukaryote 2 Bacterium 1 Bacterium 3 Bacterium 2 Eukaryote 1 Eukaryote 4 Eukaryote 3 Eukaryote 2 Phylograms show branch order and branch lengths 进化树，有分支和支长信息 .进化分支图，进化树 Cladograms show branching order - branch lengths are meaningless 进化分支图，只用分支信息，无支长信息。 Rooted by outgroup archaea archaea archaea eukaryote eukaryote eukaryote eukaryote bacteria outgroup root eukaryote eukaryote eukaryote eukaryote 无根树 archaea archaea archaea 有根树，无根树，外围群 有根树 外围群 第二节 系统发生分析步骤 （1）序列比对 （2）确定替换模型 （3）构建系统发生树 （4）评价所建立的树 两类数据： 距离 离散特征 离散特征数据可分为 二态特征——例如：DNA序列上的某个位置如果是剪切位点 多态特征——例如：某一位置可能的碱基有Ａ、Ｔ、Ｇ或Ｃ 系统发生树的构建方法分为两大类： 基于距离的构建方法 非加权组平均法 邻近归并法 Fitch-Margoliash法 最小进化方法 基于离散特征的构建方法 最大简约法 最大似然法 进化简约法 相容性方法 1. 最大简约法（MP） 最大简约法(maximum parsimony,MP)最早源于形态性状研究，现在已经推广到分子序列的进化分析中。最大简约法的理论基础是奥卡姆（Ockham）哲学原则，这个原则认为：解释一个过程的最好理论是所需假设数目最少的那一个。对所有可能的拓扑结构进行计算，并计算出所需替代数最小的那个拓扑结构，作为最优树。 最大简约法利用存在序列之间的差异的位点,即信息位点:由位点产生的突变数目把一棵树与另一棵树区分开来的位点.对于一个信息位点要求至少有两种不同的序列,而且每个序列至少出现2次. 最大简约法就是寻找长度最小,代价最小(替换的次数最少)的树. 我们只考虑信息位点.(以5为例) try… 2.距离法 距离法又称距离矩阵法，首先通过各个物种之间的比较，根据一定的假设（进化距离模型）推导得出分类群之间的进化距离，构建一个进化距离矩阵。进化树的构建则是基于这个矩阵中的进化距离关系 。 10条核酸序列的距离矩阵 例，如果有三个物种，其两两距离如下： dab = 0.5 dac = 0.9 dbc = 0.9 通过求解方程，得到 如图所示的一棵树。 u v a b c 0.2 0.25 0.25 0.45 一种简单的距离矩阵 由进化距离构建进化树的方法有很多，常见有： 1.Fitch-Margoliash Method（FM法） 2. Neighbor-Joining Method (NJ法/邻接法) 3. Neighbors Relaton Method(邻居关系法) 4.Unweighted Pair Group Method (UPGMA法) 通过矩阵建树的方法 2.1 非加权分组平均法（Unweighted Pair Group Method with Arithmetic mean, UPGMA） 在非加权分组平均法中，在计算新分类到其它分类之间的平均距离时按照各分类中分类单元的数目进行加权处理。 UPGMA法 d=e=10/2=5 c=19/2=9.5 g=c-d=9.5-5=4.5 d(DE)A=(AE+AD)/2=(