复杂疾病模型快速参数求解算法.pdfVIP

cD厅吵l柳E魄却PB咖g鲫d铆肠口ff口一s计算机工程与应用 2012，48(7)121 复杂疾病模型快速参数求解算法 谢民主“2，杨洋‘ XIE MiIldm“2，YANGⅥmgl 1．湖南师范大学物理与信息科学学院，长沙4l008l 2．中南大学信息科学与工程学院，长沙4l0083 andIn矗舢ati∞sci加∞，Hun锄No蛐al 1．CollegeofPhysics UniVe娼i蚍Ch锄gsha41008l，Chi姐 2．sch∞I“Info】咖眦i∞Sci∞ccand Soum 410083，chi越 Engineerj吨，C锄nalunive鹉i劬ch锄gsha toc曩kuhte mseasemodeL and X哐MinzhuYANG p曩nmete玮of Y|曩ng．E蜩t_lgo一伍m complex ComputerEngm∞ringAppH- ca60ns。2012．48(7)：12l-123． Ah仃一ct：G∞ome．wide me血0dtos髓rch Associati∞StIldy((羽，AS)is锄importamfbr∞sce嘶bleg∞esofc伽叩lexdis强s髂，锄d iII ef‰tivc a∞inn∞d GWAS onsi舢Iationdatab舔ed∞di侬鹏mdisea∞modd pfacticaI蛐dalgorithIns GWAS．TestiIlgalgorithm ill their thesimlllation￡Lata me ac- is di∞asesmodels impDnantcomparingp既fo珊ances．G如erating rcquirescalcula恤gpa瑚lmete倦of totlIe a190rimms．This ab哪∞h觚dbc删1d c0们ing comrol彤吸mlete鹉，butthe他a陀∞con-e印onmngpublic paperpropo∞s algorithm that to the disea∞smodels．E】【te越ive re踟ltsshowthe wod【sout c啷putcpar锄ete]噶of exp耐mental algo帕【h]m qllickly砸m扯cu偿tc dise船嚣删els．The usedin test forGWAS pa姻mete塔of aIgc时tlIm啪bec衄stll坞tingplatfomls algoriⅡl札 wor山：删els dis铭s鼯；b删1ch．弛dbo岫d 均Iy 0fcomplex aIgorithm；nmlti-ge北int∞lcti∞；penen锄ce 摘要：全基因组关联研究((m後S)是在探究人类复杂疾病相关基因的重要方法，实用有效的算法是GwAS成功的关键，因此根 据疾病模型生成模拟数据对GwAS算法进行比较测试具有重要的意义．模拟测试要求根据各种输入的控制量计算出痰病模型 的相关参数，但是目前缺乏相关公开的算法。提出了一个求解这些参数的分支限界算法．大量实验测试表明该算法能快速精确 地计算出疾病模型的相关参数，可用于搭建GwAS算法测试平台． 关键词：复杂疾病模型；分支限界算法；多基因交互；发病率 DOI：10．377明．is蚰．1002．8331．2012．07．03l文章编号：l002．833l(2012)07．012lm3文献标识码：A 中图分类号