[高等教育]基因的测定与预测方法1.pptVIP

基因的测定与预测方法 基因预测的背景 * * 生物学家开始研究基因结构主要是在实验的基础上进行的：构建cDNA文库、PCR扩增、Northern blot 和测序等。 随着全基因组测序计划的实现，大量的基因组DNA序列产生，但对基因的注释远落后于基因测序。因此，应用计算机程序从DNA序列中寻找基因（尤其是那些编码蛋白质的基因），成为研究人员考虑的重要问题。 一旦获得一个基因组序列，除了将这段序列通过数据库相似性和同源性比较，还可以计算DNA的碱基组成，分析密码子的偏好性，简缩重复序列，寻找DNA的特殊位点或信号，以及鉴定DNA的编码区。用外显子-内含子结构和每个预测基因的位置信息，以及基于数据库搜索的任何功能信息来注释基因组DNA序列。随后可以鉴别最可能的蛋白质编码区。 基因预测的同源比较算法和预测模型 1 同源比较算法： ① Smith-Waterman算法 ：它是将一条序列代替另一条序列所需的“最小代价”（Weight）。 ② FASTA算法 是用来进行DNA/DNA、DNA/蛋白质（将DNA按6个ORFs 翻译成氨基酸序列，再与蛋白质比较）和蛋白质/蛋白质的同源比较。 2 隐马尔可夫模型（Hidden Markov Model，HMM） 它将DNA看成是一个随机过程，根据