第三讲-生物催化剂的基因数据挖掘.ppt

1 基因数据挖掘 2 宏基因组技术 1 基因数据挖掘 1.1 基因组数据库 1.2 基因组数据的挖掘方法 1.3 酶基因数据挖掘案例 生物催化工程的发展前沿与现状 为什么要做酶的基因克隆？ 酶在工业应用上的局限： 量少：许多酶在野生状态下表达量较低； 娇嫩：酶容易失活 底物的溶解性和耐受性：天然的酶并非为工业生产而生！ 整细胞实际上是多酶体系 如何升级改进？ 有了基因，可以？ 从基因本质上改善酶的性质 大量重组表达 还可以研究：结构与功能的关系、进化…… 1.1基因数据库资源 基因组计划项目的迅猛增加 Five websites that all biologists should know NCBI (The National Center for Biotechnology Information; / EBI (The European Bioinformatics Institute) http://www.ebi.ac.uk/ DDBJ （DNA Data Bank of Japan） http://www.ddbj.nig.ac.jp SwissProt/ExPASy (Swiss Bioinformatics Resource) http://expasy.cbr.nrc.ca/sprot/ PDB (The Protein Databank) /PDB/ EBI (http://www.ebi.ac.uk/) SRS database interface EMBL, SwissProt, and many more Many server-based tools ClustalW, DALI, … NCBI (The National Center for Biotechnology Information;/ 基本局部比对搜索工具(Basic Local Alignment Search Tool) NCBI上BLAST服务的网址： /blast/ NCBI的BLAST程序及数据库下载网址： /blast SwissProt (http://expasy.cbr.nrc.ca/sprot/) Curation!!! Error rate in the information is greatly reduced in comparison to most other databases. Extensive cross-linking to other data sources SwissProt is the ‘gold-standard’ by which other databases can be measured, and is the best place to start if you have a specific protein to investigate A few more resources to be aware of Human Genome Working Draft（人类基因组） / TIGR (The Institute for Genomics Research)（基因研究院） / Celera / 1.1 基因组数据挖掘方法 Examples of Bioinformatics Database interfaces Genbank/EMBL/DDBJ, Medline, SwissProt, PDB, … Sequence alignment BLAST, FASTA Multiple sequence alignment Clustal, MultAlin, DiAlign Gene finding Genscan, GenomeScan, GeneMark, GRAIL Protein Domain analysis and identification pfam, BLOCKS, ProDom, Pattern Identification/Characterization Gibbs Sampler, AlignACE, MEME Protein Folding prediction PredictProtein, SwissModeler 通过序列比对工具BLAST学习，了解蛋白编码基因的功能注释原理 介绍多序列联配工具ClustalX 序列比对的进化基础 序列比对的目的： 从核酸以及氨基酸的层次去分析序列的相同点和不同点，以推测他们的结构、功能以及进化上的联系 通过判断两个序列之间的相似性来判定两者是否具有同源性 相似性：直接的数量关系，如：序列之间相似部分的百分比 同源性：质的判断，两个基因在进化上是否曾有共同祖先的推断