[高等教育]江汉湖第三版08第八章 微生物分子进化与分类学.ppt

rRNA的顺序和进化 rRNA序列测定和分析方法分两类：寡核苷酸编目法和全序列分析法。 1.???? 寡核苷酸编目分析法 20世纪80年代以前的研究,主要是采用寡核苷酸编目分析法。 rRNA的顺序和进化 2.???? 全序列分析法 寡核苷酸编目分析法，只获得了16SrRNA分子的大约30%的序列资料，加上采用的是一种简单相似性的计算方法，所以其结果有可能出现误差，应用上受到一定限制。 随着核算序列分析技术的发展，20世纪80年代末又陆续发展了一些rRNA全序列分析方法，其中最常用的是直接序列分析法。这种方法用反转录酶和双脱氧序列分析，可以对未经纯化的rRNA抽提物进行直接的序列测定。 1)相似系数法 SAB=2NAB/(NA+NB) SAB：两个菌株序列的相似系数，不等于零在 NAB：代表A和B两菌株所含相同的单词字母数 NA和NB：代表两株菌各自具备的单词字母总数 SAB不等于零，在0.1-1之间，其值越大，表示两株菌相似程度越大。 物种与物种的形成 物种既是生命存在的主要形式，又是进化单位，生态系统中的功能单位。基本的分类单元。能相互繁殖、享有一个共同基因库的一群个体，并和其他种生殖隔离。 物种形成的三个环节： (1)可遗传的变异是物种形成的原材料(自然界中随机突变)； (2)选择影响物种形成的方向； (3)隔离是物种形成的重要条件； 形成方式：渐进和骤变式 一）细菌分类系统 概要 伯杰氏细菌分类系统：国际普遍采用 原核生物分类系统：Carl Woese,首次为单细胞的原核生物建立了真正的系统发育树。 PREVOT分类系统：生理特征为依据，用于厌氧菌 医学细菌鉴定手册：医学细菌鉴定为目的 《伯杰氏细菌鉴定手册》 1994年出版了第九版，为国际上细菌学家普遍接受和采用。 几乎是《伯杰氏系统细菌学手册》的缩写版，除了对细菌各属关键表观特征的描述外，属内种的鉴定特征以表格形式出现，方便鉴定，包括了35群细菌。 伯杰氏系統細菌學手冊 BERGEYS MANUAL OF SYSTEMATIC BACTERIOLOGY 伯杰氏系統細菌學手冊第一版 The First Edition of Bergeys Manual of Systematic Bacteriology 4卷33組中，每組包括之原核生物有幾個容易鑑定的共同特性 一般形狀 和形態學、革蘭氏染色性質，氧的關係，運動性，內生孢子的存在，產能方式等等 分成4卷 (1)普通、醫學或工業有用的革蘭氏陰性細菌（11群） (2)除放線菌外的革蘭氏陽性細菌（8群） (3)具顯著特性的革蘭氏阴性細菌、藍細菌和古生菌（8群） (4)放線菌(革蘭氏陽性絲狀細菌) （8群） 表型性分類中，以革蘭氏染色性質分在哪一卷 伯杰氏系統細菌學手冊第二版 The Second Edition of Bergeys Manual of Systematic Bacteriology 自從1984年，第一版出版以來，原核生物分類學已經有很大的進展特別是 rRNA、DNA和蛋白質定序使原核生物的系統發育分析成為可行 大幅依據系統發育，而非表型性特徵，因此與第一版相當大的差異 第1卷 古生菌、深分支和光合細菌，2001年出版 第2卷 變形桿菌，2003年出 版 第3卷 低G+C含量革蘭氏陽性菌 第4卷高G+C含量革蘭氏陽性菌 第5卷一泛徽狀菌、螺旋體、絲桿菌、擬桿菌和 梭桿菌(第5卷也將包含自第1卷出版後已被修訂之 描述和系統發育排列) 2原核生物分类系统 1981年由Stanier等主编《原核生物》第一版 对原核生物界的全面认识起到了重要作用 1991年由Balows等主编《原核生物》第二版 完全按照系统发育树进行各章的编排，分6部分。 铜绿假单胞菌菌落图及形态图 二）真菌分类系统 众多分类系统中还没有世界公认确定合理的分类系统，多数人认为英国安斯沃思的分类系统比较可取。 真菌界（黏菌门、真菌门） 真菌门：鞭毛菌、接合菌、子囊菌、担子菌、半知菌亚门 酵母菌，分属真菌门相关亚门中，但其具有特殊性，渐形成自身分类系统，罗德酵母分类系统。 《酵母的分类研究》39个属，372种，4大类。 左图:酵母菌的细胞结构图 右图: 酵母菌的各种菌落 左图:啤酒酵母菌落右图:酵母菌假菌丝的形成过程 左图:根霉的形态图 右图:霉菌的菌丝类型 根霉引起红果的腐败变质 各种曲霉的菌落形态 青霉的菌落及帚状分生孢子梗和分生孢子 左图:镰刀霉的镰刀形大分生孢子右图:各种病原霉菌的菌落 思考题 1. 食品上常见的有益细菌有哪些?它们的生物学特性如何?举出3种利用细菌生产的发酵食品来(生活中你已经接触到的)。 2. 食品上常见的革兰氏阴性细菌有哪些?根