[农业]动物主基因QTL的定位策略.doc

动物主基因QTL的定位策略 本研究给出了从数量性状主基因(QTL)的统计学检测到定位在很小的染色体片段上(如小至2 Mb以下)的全过程的一套思路．总结了包括单遗传标记与口rL、两个或多个标记与QTL的连锁分析在内的统计模型，其中比较了使用最大似然法和最小二乘法进行区间定位的优缺点。 1 数量性扶(或阈性状)基因效应分析—— 主基因(QTL)定位的前提 主基因、QTL及其一般分布 一是由分析数量性状(或阈性状)而判定明显存在常染色体或性染色体上的孟德尔基因，绵羊的FecB及FecX 基因就是典型的代表；另一类是一些遗传缺陷基因，其遗传方式已明确，通过进一步与有关经济性状进行连锁分析后，认定该基因为某性状的主基因，这种情况下，基因往往是一因多效的 仅据表型检测主基因的方法 直到现在大多数QTL的检测都很困难，仅根据表型资料只能检测巨效基因，分离分析法被证明是最有效的方法 ，对表型数据的分析以检测主效基因是否存在可以减少QTL定位的盲目性 2 荤标记与数量性状(或闻性状)的连锁分析一一候选基囡法定位主基因(QTL)的统计方法 Smith和Simpson(1986) 指出中等以上效应QTL的检测必须在家系内进行，直到目前连锁分析大部分是采用专门的试验设计( 代试验设计、回交设计、孙女设计等) 在畜禽中现已有遗传标记(包括基因)与QTL连锁的例子Cowam等(1990)“”采用广义最小二乘法对一头Holstein公牛的26头雄性F 代的催乳紊(Prolactin)位点不同基因型效应进行了分析，结果发现两种纯合型PDM(产奶量预测差)的传递力相差282．93 kg。但在群体中的多态分离情况及在其它家系中的连锁分析结果可能是不同的，另一方面连锁程度及所涉及的位点数也不能由这些数据得到。 3 遗传连锁图谱与主基因(QTL)定位 区间定位—— 最大似然法 改进的区间定位方法—— 最小二乘法 4 合并图谱与基因精细定位 利用这种合并图谱，已将几个人类致病基因缩小到2 cM 以下的区间上，在这样的区间上进行位置克隆是不难的 粘粒克隆、YACs、BACs、Pls等DNA大片断克隆系统的发展，使构建由这些克隆组成的重叠群成为现实，流式细胞分离术使单条染色体得以被分离，染色体微切割技术可以从染色体的中部切下10~15 Mb、从端部切下3～5 Mb的目的片段，随之产生的微克隆术与其它方法一起大大丰富了STSs，YAC重叠图谱与STSs图谱的有机结合及相互补充，必将能够对许多主基因(QTL)缩至足够小的染色体片段上，从而适合于进行标记辅助选择或位置克隆。 水稻抽穗期基因的精细定位、克隆和生物学功能分析 l QTL定位 在F2群体中定位 日本晴和Kasalath的平均抽穗期分别为122和117 d，F2群体抽穗期的变异很大(104～164 d)，并且是连续的，抽穗期的频率表现出双峰分布及超亲分离，说明该组合中存在控制抽穗期的具有较大效应的基因和效应方向相反的基因 在回交后代群体中定位 从(日本晴／Kasalath／／日本晴)发展了85个株系组成的BCIF5群体，定位了5个抽穗期QTL~43，其中2个效应较大，分别与Hd1和Hd2处于同一区间，另外3个QTL的阈值较低，在F2群体中未能检测到，这3个QTL后来被命名为Hd7、Hd8和Hdl 5l 在高回交世代群体的定位 以日本晴为轮回亲本，对日本晴／Kasalath组合进行多次回交和筛选，得到1株植株BC4Fa一37—7，其基因组中上述8个抽穗期QTL中7个所在的区间均为日本晴等位基因纯合，只有少数区间，包括第2染色体上Hd7所在区间为杂合，在该植株自交后代中，抽穗期表现出22 d的连续变异。 2 QTL的精细定位 为了对Hd1、Hd2和Hd3进行精细定位，以日本晴为轮回亲本与日本晴／Kasalath的后代进行回交，对BCI F2代的个体，以均匀分布在水稻12条染色体上的50个RFLP标记筛选这3个目的基因座位上分别为Kasalath等位基因纯合型的单株，与日本晴回交，经筛选和再回交，得到3株合适的BC3Fa植株，经128个RFLP标记的筛选，它们分别在3个目的基因区域为杂合型，而在几乎所有其他区域(包括目的基因以外的其他抽穗期QTL)均为日本晴等位基因纯合型，这3个单株就被分别用作进行Hd1、Hd2 或Hd3的精细定位的F1植株，在它们自交所得F2群体中，只有单个QTL发生分离 林木数量性状位点定位的统计方法 单个标记分析，基本上可用3种方法进行：一是基于分子标记分类的数量性状均值差异是否显著来判断所用标记的影响(加性或显性教应)，若蔗异显著(如用t测验)说明该标 己与所研究性状关联．否则无关；二是回lj]方法，应用数量性状与分子标记基因型(转化为数量化指标如0，1)进行回岫分析，对所得的回归系数进行测验来判断