生物信息学bioinf3.ppt

* * 检索数据库的方法 用关键词或词组进行数据库检索 (Text-based database searching) 用核苷酸或蛋白质序列进行数据库检索 (Sequence-based database searching) 三、关键词或词组为基础的数据库检索 关键词 名词、描述性词、词组 序列注册号 (Accession number) 检索体系 Entrez Sequence Retrieval System (SRS) Integrated database retrieval system (DBGET) 检索须知（1） 连接词 AND, OR, NOT rice AND enzyme rice AND enzyme NOT kinase retrotransposon OR retroelement 用引号将两个单词组成一个词组 “disease resistance” disease resistance = disease AND resistance 检索须知（2） wild card, *, 放在单词后使检索范围扩大， 但专一性降低 Wan* = 所有以 Wan 开头的单词 enzyme* = enzyme + enzymes 1. Entrez /Entrez/ NCBI 的检索体系 优点：三种检索体系中最容易操作的体系 缺点：检索范围有限 8大类29个与 Entreze 体系相连的数据库 Nucleotide Sequence Databases (6) GenBank, SNP, Gene, HomoloGene, UniSTS, PopSet Protein Sequence Databses (1) Proteins Structure Databases (4) Structure, PubChem Compound, 3D Domains, CDD Taxonomy Databases (1) Taxonomy Genome Databases (2) Genomes, Genome Project Expression Databases (4) UniGene, GEO Profiles, GEO Datasets, GENSAT Literature Databases (7) PubMed, PubMed Central, Books, OMIM, Journals, NLM Catalog, MeSH Other Databases (4) PubChem Substance, Cancer Chromosomes, PubChem BioAssay, Site Search Entrez主页/Entrez/ Entrez系统中数据库之间的连接 检索方法（1）：数据库之间检索 NCBI主页选择“Entrez”或Entrez主页，输入关键词 各个数据库中检索到的信息数量 点击相应数据库查看信息目录，每一条信息与其它数据库的相关信息链接 检索方法（2）：选择数据库检索 NCBI主页选择数据库，输入关键词 检索到的信息目录，每一条信息与其它数据库的相关信息链接 查看信息内容 选择数据库后，可选择在这一数据库中的检索内容和时间范围 检索到的信息目录 点击“Limits”修改检索时间范围 点击“Go”检索选择时间范围内的数据 2. SRS (Sequence Reterieval System) http://srs.ebi.ac.uk/ 不同版本 European Bioinformatics Institute (EBI) 的检索体系 优点：检索面宽 缺点：操作复杂 17大类194个数据库与 SRS 体系相连 Literature, Bibliography and Reference databases Nucleotide sequence databases Uniprot Universal Protein Resource Other protein sequence databases Deprecated Protein Databases Nucleotide related databases Protein function databases Protein structure databases Enzymes, reactions and metabolic pathway databases 17大类194个数据库与 SRS 体系相连（续） Mutation and SNP