ModFit中文手冊.pdf

4. 應用ModFit LT 軟體分析DNA 直方圖 4.1 概述 ModFit LT 是由美國 Verity Software House 公司設計 ，專門用於流式細胞術中進行細胞周 期分析的軟體 。它通過對DNA 含量直方圖進行曲線擬合，能快速計算出分析細胞周期各時相細 胞的含量、G1/S/G2+M 細胞的百分比 ，並測量腫瘤細胞的DNA 指數 (DNA Index) 、及析凋亡細 胞亞二倍體所占的比例 。此外 ，2.0 版本還增加了 “同步化分析”和 “增殖分析”的功能 ，可分 別進行同步化細胞和增殖細胞的研究 (Synchronized or Drug-Perturbed Cells) ，對於研究凋亡細胞 生物學與藥理的同仁 ，實為一大利器 。 本軟體有蘋果電腦與 PC Win98/NT 兩種版本 ，皆內建有 65 種數學模型 ，可彈性運用以 因應不同的 DNA直方圖分析 。從事直方圖分析時, ModiFit LT 軟體允許使用者應用四種基本方 式操作: (1) Automatic Analysis (2) Manual Analysis (3) Synchronization 精靈 (4) Proliferation 精 靈 。以下之範例練習可讓您熟悉 ModiFit LT 軟體的四種基本分析功能 ，我們將以四個已儲存之 數據檔案來練習 DNA 直方圖之分析 。這四個數據檔案之檔名及樣品資料如下 ： 檔案名 樣品 SampleLM.FCS 4.2 自動分析 1. 從蘋果功能表下進入ModFit LT以啟動該軟體 ，並在隨後出現的對話方框上按 OK 。 ModFit LT軟體有一套 S期評估功能，可以依照您所制定的 範圍 ，評估該樣品中S Phase 比例是屬於少量、中度或多 量的 ，並在報告中顯示出可信度。軟體若還沒有被實驗室 其他人設置過 ，那麽當你進行分析時 ，將會出現一個關於 S期評估的詢問方框 ，提供了3 個選項：馬上設置S期的臨 界值；以後再提醒我設置S期的臨界值 ；不需要啟動S期評 估這項功能。若你需要這項評估 ，你必須輸入你們實驗室 獲得的具有統計意義的各種組織的二倍體或者異倍體的S期的臨界值 ，如沒有 ，則不必啟動 這項功能 。 暫時關閉 S-phase 評估功能 2. 從 Edit menu 指令板中選擇 S-Phase Cutoffs ，並將  Activate Assessment System 改成 ，以取消S Phase評估功能 。軟體中雖有預設值 ，但各醫院醫檢師必須鍵入自定的範圍才 能有真實的評估功能 ，因此軟體一般 會在分析數據時，要求使用者”Entry your own S-Phase cutoff.”。在此練習 中，我們先暫時關閉此一功能 。 3. 按 OK 表示接受此一選項 。 開啟一數據檔案 4. 在工具板中點擊 File 鈕以開啟檔 案 。並在隨後出現的 Open File 對話方框上尋找Sample1m.fcs 數據檔案 ，路徑 為 Mac HD:/BD Application:/ModFit folder ，快按兩下以開啟該檔案匣 。 5. 選擇該檔案匣中 SampleLM.fcs 數據檔案 ，並 選擇 Open 以載入此檔 。 6. 在 Choose Parameter For Analysis 對話方框 中選擇 FL2-A 為 DNA 參數 ，點擊 OK 。 7. 如果想要圈選單一細胞 ，點擊Define Gate 1 。 8. 在隨後出現的 Define Gate Parameter 對話方框中選用 FL2-W 為 X 參數項 ，FL2-A 為 Y 參數項。點擊 OK 。 9. 修改多角形區域以包含所有單一細胞 (參考下頁之範本)