肛式子与鸟粪采集与保存方法.pdf

肛式子与鸟粪采集与保存方法 Sample collection in live birds: clocal swabs and feces 杨预展 2016-5-24 中国鸟类多样性监测网培训班 内容  引子  肛式子样品采集、保存及注意事项  鸟粪样品采集、保存及注意事项  样品运输与实验室存储  样品处理与分析 引子  为什么要取肛式子和鸟粪样品？  合适的生物样品，可帮助我们深 入了解鸟类遗传信息、生理信息、 代谢过程、身体状态等，推动鸟 类研究与保护工作 遗传信息 禽流感 肛式子 病毒 肠道微生物 遗传信息 食性 鸟粪 食物信息 遗传多样性 肛式子样品采集、保存及注意事项  肛式子采集  准备  一次性手套，式子，无菌管/冻存管，冻存条件（干冰/冰箱） 肛式子样品采集、保存及注意事项  肛式子采集  过程  1）双蒸水润湿棉式子头部；（ddH O，可在试剂购买) 2  2）轻轻将棉式子头部全部深入鸟泄殖腔2-3 cm ，轻轻转动棉 式子2-3 圈；  3）取出，存入离心管或者冻存管，冻存；干冰运输 肛式子样品采集、保存及注意事项  肛式子采集  注意事项  干冰运输（后面会详细介绍）  样品必须低温保存（实验室-80℃)，防止和减弱DNA 降解  每取一个样品，必须更换新手套，以免污染  注意记录鸟的基本信息和采集的基本信息 采集时间 采集地点 物种 性别 年龄 体重 身体状况 鸟粪样品采集、保存及注意事项  鸟粪采集（新鲜鸟粪）  准备  一次性手套，无菌管/冻存管，冻存条件（干冰/低温冰箱）  过程  收集新鲜鸟粪（1-2cm长，中间部分），捏碎，存入离心管/冻 存管，冻存；  干冰运输，实验室冻存，-80 ℃  注意事项  样品必须低温保存（实验室-80 ℃)，防止和减弱DNA 降解  前后取样必须更换一次性手套，以免污染  注意记录鸟的基本信息和采集的基本信息 样品运输与实验室存储  为什么一定要低温？  常温下，DNA容易降解，影响后续使用  微生物群落发生变化，导致实验误差  干冰运输（dry ice）  干冰，即固态二氧化碳CO2 ，可维持-80 ℃ 低温，操作时需带厚手套，防止冻伤；  快递运输，10kg，3-4 天  干冰有块状和柱状，块状可用时间更长  超低温冻存（lab）  可长期、稳定维持-80 ℃低温 低温保存避免污染 样品处理与分析 • 显微镜观察分析食性（草食性为例） • 1）构建植物表皮参考数据库 • 2）观察鸟粪中残余植物表皮 • 3）观测表皮与数据库表皮对比，确定食物 垂穗苔草上表皮 垂穗苔草下表皮 样品处理与分析 • 高通量测序分析食性（metabarcoding to analy