CN107385051-CN201710662852-用于检测肝肿瘤良恶性的基因标志物、试剂盒及检测方法.pdfVIP

(19)中华人民共和国国家知识产权局 (12)发明专利申请 (10)申请公布号 CN 107385051 A (43)申请公布日 2017.11.24 (21)申请号 201710662852.0 (22)申请日 2017.08.04 (71)申请人 上海易毕恩生物技术有限公司 地址 201700 上海市青浦区华浦路500号2 号厂房 申请人 上海易毕恩基因科技有限公司 (72)发明人 陆星宇　宋艳群　彭莱　张子谋　 (51)Int.Cl. C12Q 1/68(2006.01) 权利要求书2页 说明书6页 附图1页 (54)发明名称 用于检测肝肿瘤良恶性的基因标志物、试剂 盒及检测方法 (57)摘要 本发明涉及用于检测肝肿瘤良恶性的基因 标志物、试剂盒及检测方法。基因标志物包括一 个或两个以上以下基因：FAT非典型钙粘蛋白1、 雌激素相关受体γ、性别决定基因y染色体区域 盒家族成员9、纤毛状络合物子单元1、1号染色体 开放阅读框125抗体、络丝蛋白、转铁蛋白、TNF受 体超家族成员、胰腺和十二指肠同圆框1、α-酸 性糖蛋白2；通过高通量测序检测肝肿瘤基因标 志物中5-羟甲基胞嘧啶的含量，从而判定肝肿瘤 良恶性。本发明检测肝肿瘤良恶性具有安全无 创、DNA来源广泛、准确性高、操作方便、用户体验 A 好优点。本发明可与其他临床指标相结合，为肝 1 肿瘤后续筛查、诊断、治疗与预后提供更准确的 5 0 5 判断。 8 3 7 0 1 N C CN 107385051 A 权　利　要　求　书 1/2 页 1. 基因标志物用于检测肝肿瘤良恶性的用途，通过高通量测序检测肝肿瘤基因标志 物中5-羟甲基胞嘧啶的含量，从而判定肝肿瘤良恶性，包括一个或两个以上以下基因：FAT 非典型钙粘蛋白1  (FAT1)、雌激素相关受体γ（ESRRG）、性别决定基因y染色体区域盒家族 成员9（SOX9）、纤毛状络合物子单元1（EVC）、1号染色体开放阅读框125抗体（AXDND1）、络丝 蛋白（RELN）、转铁蛋白（TF）、TNF受体超家族成员（TNFRSF11B）、胰腺和十二指肠同圆框1 （PDX1）、α-酸性糖蛋白2（ORM2）。 2.根据权利要求1所述的用途，其特征在于：所述基因标志物包括包括FAT1、ESRRG、 SOX9、EVC、AXDND1、RELN、TF、TNFRSF11B、PDX1和ORM2。 3.一种用于检测肝肿瘤良恶性的方法，包括以下步骤： a）测定良性肝肿瘤样品和肝癌受试者样品中权利要求1和2所述的基因标志物的5-羟 甲基胞嘧啶的含量； b）用良性肝肿瘤样品中所述基因标志物的5-羟甲基胞嘧啶含量作为参照，将肝癌受试 者样品中对应的基因标志物的5-羟甲基胞嘧啶含量标准化，良性肝肿瘤样品和肝癌受试者 样品中同一基因标志物的5-羟甲基胞嘧啶含量分别为X和Y，则肝癌受试者样品中该基因标 志物的标准化5-羟甲基胞嘧啶含量为Y/X； c）对步骤b）中经标准化的所述基因标志物的5-羟甲基胞嘧啶含量进行数学关联，并获 得评分P； d）根据所述评分P大小得到肝肿瘤良恶性的检测结果。 4.根据权利要求3所述的方法，其特征在于步骤a）包括如下步骤：将来自肝癌患者和良 性肝肿瘤患者的DNA片段化；将所述片段化的DNA末端修复并末端补齐；将末端补齐的DNA与 测序接头连接，获得连接产物；通过标记反应对连接产物中的5-羟甲基胞嘧啶进行标记；富 集含有5-羟甲基胞嘧啶标记的DNA片段，获得富集产物；对富集产物进行PCR扩增，获得测序 文库；对测序文库进行高通量测序，获得测序结果；根据测序结果确定5-羟甲基胞嘧啶在基 因上