CN107385050-CN201710662851-用于检测胰腺癌的基因标志物、试剂盒及胰腺癌检测方法.pdfVIP

(19)中华人民共和国国家知识产权局 (12)发明专利申请 (10)申请公布号 CN 107385050 A (43)申请公布日 2017.11.24 (21)申请号 201710662851.6 (22)申请日 2017.08.04 (71)申请人 上海易毕恩生物技术有限公司 地址 201700 上海市青浦区华浦路500号2 号厂房 申请人 上海易毕恩基因科技有限公司 (72)发明人 陆星宇　宋艳群　彭莱　张子谋　 (51)Int.Cl. C12Q 1/68(2006.01) 权利要求书2页 说明书6页 附图1页 (54)发明名称 用于检测胰腺癌的基因标志物、试剂盒及胰 腺癌检测方法 (57)摘要 本发明涉及用于检测胰腺癌的基因标志物、 试剂盒及胰腺癌检测方法。基因标志物包括一个 或两个以上以下基因：麦芽糖酶、C型外源凝集素 家族4成员C、分选蛋白7、间质同源框2、FAT非典 型钙粘蛋白1、黄素包含单氧酶3、囊性纤维化跨 膜传导调节蛋白、磷脂磷酸酶相关蛋白3、α白蛋 白和胶原蛋白V型α2链；通过高通量测序检测胰 腺癌基因标志物中5-羟甲基胞嘧啶的含量，从而 判定胰腺癌是否存在。本发明检测胰腺癌具有安 全无创、DNA来源广泛、准确性高、操作方便、用户 体验好优点。本发明可与其他临床指标相结合， A 为胰腺癌筛查、诊断、治疗与预后提供更准确的 0 判断。 5 0 5 8 3 7 0 1 N C CN 107385050 A 权　利　要　求　书 1/2 页 1.基因标志物用于检测胰腺癌的用途，通过高通量测序检测胰腺癌基因标志物中5-羟 甲基胞嘧啶的含量，从而判定胰腺癌是否存在，所述基因标志物包括一个或两个以上以下 基因：麦芽糖酶（SI）、C型外源凝集素家族4成员C（CLEC4C）、分选蛋白7（SNX7）、间质同源框2 （MEOX2）、FAT非典型钙粘蛋白1（FAT1）、黄素包含单氧酶3（FMO3）、囊性纤维化跨膜传导调节 蛋白（CFTR）、磷脂磷酸酶相关蛋白3（PLPPR3）、α白蛋白（AFM）和胶原蛋白V型α2链（COL5A2）。 2.根据权利要求1所述的用途，其特征在于：所述基因标志物包括SI、CLEC4C、SNX7、 MEOX2、FAT1、FMO3、CFTR、PLPPR3、AFM和COL5A2。 3.一种用于检测胰腺癌的方法，其特征在于包括以下步骤： a）测定正常样品和受试者样品中权利要求1和2所述的基因标志物的5-羟甲基胞嘧啶 的含量； b）用正常样品中所述基因标志物的5-羟甲基胞嘧啶含量作为参照，将受试者样品中对 应的基因标志物的5-羟甲基胞嘧啶含量标准化，正常样品和受试者样品中同一基因标志物 的5-羟甲基胞嘧啶含量分别为X和Y，则受试者样品中该基因标志物的标准化5-羟甲基胞嘧 啶含量为Y/X； c）对步骤b）中经标准化的所述基因标志物的5-羟甲基胞嘧啶含量进行数学关联，并获 得评分P； d）根据所述评分P的数值大小得到受试者样品是否患有胰腺癌的检测结果。 4.根据权利要求3所述的方法，其特征在于步骤a）包括如下步骤：将来自胰腺癌患者和 正常人的样品的DNA片段化；将所述片段化的DNA末端修复并末端补齐；将末端补齐的DNA与 测序接头连接，获得连接产物；通过标记反应对连接产物中的5-羟甲基胞嘧啶进行标记；富 集含有5-羟甲基胞嘧啶标记的DNA片段，获得富集产物；对富集产物进行PCR扩增，获得测序 文库；对测序文库进行高通量测序，获得测序结果；根据测序结果确定5-羟甲基胞嘧啶在基 因上的含量。 5. 根据权利要求4所述的方法，其特征在于：所述标记反应包括：i）利