(精选)SNP基因分型技术进展教学课件.pptVIP

等位基因特异寡核苷酸连接 SNP基因分型技术进展 大纲 什么是SNP SNP分型方法 SNPs概述 单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphisms，SNPs） 指基因组DNA序列中由于单个核苷酸（A，G，C，T）插入、缺失、转换和颠换等而引起的多态性，而且任何一种等位基因在群体中的频率不小于1%。 二等位基因（bialletic)多态性 高保守性 高密度：每1kb出现1个SNP 第三代遗传标记：第一代RFLP、第二代STR SNP的应用 疾病遗传连锁和关联分析，疾病易感基因的定位 药物基因组学 人类起源和进化研究 法医学领域 法医学领域应用的优缺点 优点： 突变率低 适于高通量技术分析 片段短-适于降解样本分析 缺点 单个位点信息含量比STR低，需同时分析更多位点 应用数据远少于STR SNP分型技术 分类方法 区分SNPs特异位点的原理方法 数据的检测分析手段：荧光、发光、质谱等 分析平台：均相、固相支持。 区分SNPs特异位点的原理方法 等位基因特异性杂交(allele specific hybridization) 引物延伸(primer extension) 寡核苷酸连接(oligonucleotide ligation) 入侵分裂(invasive cleavage) 等位基因特异性杂交 1、利用FRET的均相杂交 双杂交探针（Roche） TaqMan 探针（AB） 分子信标 2、微阵列杂交和荧光检测 TaqMan TaqMan 分子信标 R Q 分子信标 返回 微阵列杂交 GeneChip system （Affymetrix） 探针-固相 含SNP位点的PCR产物 SNP位点大规模筛选 区分SNPs特异位点的原理方法 等位基因特异性杂交(allele specific hybridization) 引物延伸(primer extension) 寡核苷酸连接(oligonucleotide ligation) 入侵分裂(invasive cleavage) 引物延伸 Minisequencing 焦磷酸测序 等位基因特异性延伸 Minisequencing 电泳-荧光检测：SNaPshot（AB） MALDI-TOF MS 质谱 微阵列-荧光检测 荧光偏振检测 Minisequencing” (ABI SNaPShot) Minisequencing” (ABI SNaPShot) Multiplex-不同长度引物对应不同SNP位点 MALDI-TOF MS 基质辅助激光解吸电离-飞行时间质谱 分子质量与飞行时间相关 PinPoint assay（AB） 10-plex 微阵列-荧光检测 阵列引物延伸（arrayed primer extension, APEX） Tag-microarrays 荧光偏振检测 焦磷酸测序 模板单链 多重能力 等位基因特异性延伸 区分SNPs特异位点的原理方法 等位基因特异性杂交(allele specific hybridization) 引物延伸(primer extension) 寡核苷酸连接(oligonucleotide ligation) 入侵分裂(invasive cleavage) * * 人类众多个体的基因组序列的一致性高达99%以上，但个体之间各种性状的差异仍然很大，包括对疾病的易感性、对同一疾病治疗药物的反应性等。在同一生物集团中明显存在两种以上不同的遗传性状，而且出现频率较高，称为遗传的多态性(polymorphism)，而遗传物质DNA的多态性如RFLP、STR、ABO血型、HLA和单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)是个体间差异的遗传学基础。 例如：某些人染色体上某个位置的碱基是A，而另一些人染色体的相同位置上的碱基则是G。同一位置上的每个碱基类型叫做一个等位位点。除性染色体外，每个人体内的染色体都有两份。一个人所拥有的一对等位位点的类型被称作基因型（ genotype）。对上述SNP位点而言，一个人的基因型有3 种可能性，分别是AA、AG 或GG。 当某个荧光基团的发射谱与另一个荧光基团的吸收光谱重叠，且两个基团距离足够近时，能量可以从短波长（高能量）的荧光基团传递到长波长（低能量）的荧光基团，这个过程称为荧光共振能量转移(FRET),实际相当于短波长荧光基团释放的荧光被屏蔽。 亲子鉴定、案件-中通量 犯罪分子数据库-高通量