(精选)医学生物信息基础 第6讲 重要的生物信息学中心课件.pptVIP

THANK YOU 谢 谢！ (六) 国家生物技术信息中心(NCBI) 支持的数据库 1. 核苷酸序列(DNA和RNA) 库: 这些DNA和RNA序列来源于非自动测序计划 (如：GenBank)，或自动测序仪(如：dbEST)。 核酸序列数据 GenBank 由NCBI维护。从科 技文献或其他渠道获取有关资料，对GenBank 进行注释，并将这些数据与国际核酸数据库 EMBI和DDBj 进行交换，是NCBI主要任务之一。 PDB： 包含三维结构已知的蛋白序列。蛋白质数据库(ProteinDataBank，PDB)组织位于纽约长岛的Brookhaven国家实验室。 这些信息还可从MMDB--NCBI的PDB镜相站点获得。PDB的绝大多数条目是非冗余的，如果同一序列条目有多个结构信息，就保留质量高的那一个。如对于晶体结构，采用其分辨值最小(如1.8埃优于2.2埃)的条目。 * SWISS—PROT： 这是一个来源于SWISS—PROT数据库的最近发布的蛋白序列条目的数据库。现由EMBI。(欧州分子生物学实验室)的分部 Ebl 支持。 这是一个通过信息相互参照获得的蛋白质序列数据库，可以从互联网上获得。SWISS—PROT是非冗余数据库，由日内瓦大学AmosBairoch 维护。 （二）EBI 欧洲生物信息学研究所 (European Bioinformatics Institute，EBI) EBI 1994建于英国剑桥，前身是欧洲分子生物学实验室的信息服务部。 EBI接受了原来EMBL数据库的管理和维护，并且是欧洲分子生物学网EMBnet的特别节点, EBI开展了多方面的生物信息服务和研究。网址： http://www.ebi.ac.uk／(EBI主网页，可链接到其他项目) 欧洲分子生物学网络组织 (EMBnet)European Molecular Biology Network EMBnet为国际著名生物信息学组织，为世界各国提供生物信息资源，并合作进行生物信息的研究、开发、应用和人才培训。 EMBL网址 http://www.ebi.ac.uk/embl 欧洲分子生物学网络组织 (European Molecular Biology Network，EMBnet ) 建立于1988年, 作为一个国际组织， 它在荷兰注册网址:http : // www. embnet. org。 EMBnet 是以欧洲国家为主的生物信息学网络组织，包括34个生物信息学和基因组研究中心。 EMBnet 国家节点主要提供生物信息资源服务、用户支持和培训，专业节点主要提供数据库和软件。最重要的专业节点有英国测序中心、英国人类基因组图谱资源中心、欧洲生物信息学研究所。 EMBnet国家节点 欧洲: 奥地利、比利时、丹麦、法国、芬兰 、德国、希腊 匈牙利、爱尔兰、以色列、意大利、挪威、 波兰、葡萄牙、斯洛伐克、西班牙、瑞典、瑞士、荷兰、土耳其、英国 亚洲: 中国、印度 澳洲: 澳大利亚 北美洲: 加拿大 非洲：南非 南美洲: 阿根廷、古巴、智利、墨西哥 EBI的任务和目标： 提供生物信息资源（各种数据库）； 研发生物信息软件（搜索、提交和应用）； 跟踪生物信息技术（算法、界面和运行）； 可提供支持和服务； 收及相关生物信息。 EBI支持的重要数据库： 1.核苷酸序列数据库包括： ① 应用SRS检索系统做简单检索； ② RNA、DNA序列数据库； ③ 多序列排列和比对苦； ④ 查询dbEST、dbSTS工具； ⑤ 真核生物基因组、线粒体DNA数据库。 提供序列、来源、引文信息及其生物学意义。其中已有近800种已完成的基因组序列。 2. SWISS-PROT 蛋白序列数据库： 由日内瓦大学和EBI的EMBL数据库联合维护。 EMBL核酸序列数据库的编码DNA序列翻译成氨基酸序列后，文档保存在 TrEMBL 数据库中。由肽段测序计划中得出的蛋白序列直接提交到SWISS-PROT，并指定序列号。 3．放射杂交数据库 ( Radiation Hybrid Database，RHdb) RH db 是收录用于构建放射杂交图谱的原始数据的数据库，包括STS数据、分值、实验条件和多方面的交叉参考数据。 放射杂交图谱是根据放射杂交矢量分值( R