系统进化树的构建幻灯片.ppt

接着选择所保存好的文件 就会出现我们构建的一个树结构了。 谢谢！ 一.怎样建树 建树的方法有： UPGMA（类平均法） ME（Minimum Evolution，最小进化法） NJ（Neighbor-Joining，邻接法） MP（Maximum parsimony，最大简约法） ML（Maximum likelihood，最大似然法） 贝叶斯（Bayesian）推断等方法。 其中UPGMA法已经较少使用。 选择需要的建树方法: (1)一般来讲，如果模型合适，ML的效果较好。 (2)MP一般不用在远缘序列上，这时一般用NJ或ML。 (3)对相似度很低的序列，NJ往往出现Long-branch attraction（LBA，长枝吸引现象），有时严重干扰进化树的构建。 (4)一些人认为贝叶斯的方法最好，其次是ML，然后是MP。其实如果序列的相似性较高，各种方法都会得到不错的结果，模型间的差别也不大。 （5）对于进化树的构建，如果对理论的了解并不深入，需要选择模型的时候用NJ或者ML建树。 （6）一般推荐用两种不同的方法构建进化树，如果所得到的进化树类似，则结果较为可靠。 （7）Bootstrap几乎是一个必须的选项。一般Bootstrap的值70，则认为构建的进化树较为可靠。如果Bootstrap的值太低，则有可能进化树的拓扑结构有错误，进化树是不可靠的。 建树软件的选择： (1)构建NJ树，可以用PHYLIP或者MEGA。MEGA是Nei开发的方法并设计的图形化的软件，使用非常方便。推荐MEGA软件为初学者的首选。 (2)构建MP树最好的工具是PAUP，但该程序属于商业软件，并不对学术免费。推荐使用MEGA来构建MP树。理由是，MEGA是图形化的软件，使用方便。 (3)构建ML树可以使用PHYML，速度最快。ML的模型选择是看构出的树的likelihood值，从参数少，简单的模型试起，到likelihood值最大为止。ML也可以使用PAUP或者PHYLIP来构建。 （4）一般通过NJ构建进化树，并且进行Bootstrap分析所得到的结果已足够。如果序列近缘，可以再使用MP构建进化树，进行比较。如果序列较远源，则可以做ML树比较。使用两种方法得到的树，如果差别不大，并且Bootstrap总体较高，则得到的进化树较为可靠。 （5） 如果使用MEGA进行分析，选项中有一项是“Gaps/Missing Data”，一般选择“Pairwise Deletion”。其他多数的选项保持缺省的参数。 软件 网址 说明 ClustalX http://bips.ustrasbg.fr/fr/Documentation/ClustalX/ 图形化的多序列比对工具 ClustalW http://www.cf.ac.uk/biosi/research/biosoft/Downloads/clustalw.html 命令行格式的多序列比对工具 GeneDoc /biomed/genedoc/ 多序列比对结果的美化工具 BioEdit /BioEdit/bioedit.html 序列分析的综合工具 MEGA / 图形化、集成的进化分析工具，不包括ML PAUP / 商业软件，集成的进化分析工具 构建分子进化树相关的软件 构建分子进化树相关的软件 PHYLIP /phylip.html 免费的、集成的进化分析工具 PHYML http://atgc.lirmm.fr/phyml/ 最快的ML建树工具 PAML http://abacus.gene.ucl.ac.uk/software/paml.html ML建树工具 Tree-puzzle http://www.tree-puzzle.de/ 较快的ML建树工具 MrBayes / 基于贝叶斯方法的建树工具 MAC5 /software/mac5/ 基于贝叶斯方法的建树工具 TreeView http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/rod/treeview.html 进化树显示工具 构建分子进化树相关的软件 小结： 在实用中，只要的方法、模型合理，建出的树都有意义，可以任意选择自己认为好的一个。 选择软件时最重要的问题是：你需要解决什么样的问题？如果分析的结果能够解决你现有的问题，那么，这样的分析足够了。因此，在做进化分析前，可能需要很好的考虑一下自己的问题所在，这样所作的分析才有针对性。 二 .用MEGA 建树 1.启动程序 （1）运行环境：在Windows 95/98, NT, ME, 2000, XP, vista 等操作系统下均可使用。 （2）下载安装：可以直接登陆 进行下载安装，另外