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CHAPTER 9 後基因體時代 9-1 功能基因體學 9-2 蛋白質體學 9-3 結構生物學 9-4 生物資訊 9-5 生物晶片 本章節介紹人類基因體計畫完成後，伴隨衍生出的一些新興知識。包括蛋白質體學(proteomics) 、結構生物學(structural biology) 、生物資訊學(bioinformatics)、生物晶片(biochip)等。 9-1 功能基因體學 凡探討基因與基因之間的關係為何，與人的身體結構及運作關係為何，乃至與人的生活環境的互動關係為何，都可謂為功能基因體學。 9-2 蛋白質體學 蛋白質體學的定義與範疇 一、蛋白質體學的定義 蛋白質體學(proteomics)，亦稱蛋白組學，是繼功能基因體學之後的另一學問，蛋白質體(proteome)指的是生物體內所有蛋白質的總稱 。1994 年，澳洲的Wilkins 和Williams 首先提出了蛋白質體(proteome)的概念，最初源自於蛋白質(protein)與基因體(genome)兩個名詞的結合，其定義為細胞內所有的蛋白質。 面對人類基因體計畫完成後新的挑戰，2001 年4 月成立了「人類蛋白質體組織」(human proteome organization, HUPO)。 二、蛋白質體學的範疇 1.表現蛋白質體學(expression proteomics)： 將細胞或組織中的蛋白質，建立蛋白質表現 圖譜。 2.細胞圖譜蛋白質體學(cell-map proteomics) ：確定蛋白質在細胞內各個胞器當中的位置 ，並利用質譜儀(mass spectrometer)加以鑑 定蛋白質複合物的組成，以確定蛋白質間的 交互作用。 3.進行藥物設計(structure-based drug design )：早在1977 年文獻中已有記載，蛋白質的 結構上之缺陷或變異，將造成疾病形成之主 因，而蛋白質體學正可提供分子層次上成因之 解釋。 研究蛋白質體學的技術 一、二維電泳分析蛋白技術 蛋白質是由20 種胺基酸分子所構成，而每種胺基酸所帶的電荷數目不同，根據此一特性，發展出二維電泳分析蛋白技術(2-D electrophoresis)（圖9-1）。 二、質譜術 1.運作原理：質譜儀(mass spectrometer)的運作原理是先將化學分子離子化，使之帶有電荷，然後利用外加電場使離子產生動能，離子在真空管內飛行一定距離後會撞擊到偵測標靶，並產生光電訊號。離子的質量越大則飛行速度越慢，所以到達標靶時間也就越長，根據此原理即可得知待測分子之質量。目前基質輔助雷射脫附游離飛行式質譜儀(matrix-assisted laser desorption ionization- time of flight mass spectrometer, MALDI-TOF MS)最為常見。 2.分析蛋白質種類的方法 (1)在二維電泳膠片上所分離之蛋白質，可以分 別取出並利用胰蛋白酶切割成胺基酸片段， 接著送入質譜儀分析這些胺基酸片段的個別 質量。 (2)利用氣體分子撞擊胺基酸片段，並分析碎裂 產物的質量：由於胺基酸片段在質譜儀上的 位置，出現在個別胺基酸分子之間的機會很 大，所以個別碎裂產物之質量差剛好等於一 個特定胺基酸分子的質量。 除了二維電泳分析蛋白技術與質譜術外，近年來許多新技術的產生應用於研究蛋白質體，請見表9-1。 9-3 結構生物學 一、結構生物學的定義 結構生物學為生命科學當中一個重要的分支，本學科是以分子生物物理學為基礎，結合化學和分子生物學方法測定生物大分子複合體的空間結構（一般是指三維結構）、形成此結構的動力過程及分子結構與其生化功能之間的關係。 二、結構生物學的重要性 在生物大分子當中，蛋白質與核酸是最重要的分子。其生化功能與結構、折疊動力過程有密不可分的關係。而結構生物學之應用，不但可以提供結構與功能之關聯，更可以進一步地解釋造成特殊功能的機轉。 目前的研究方向是由兩種方式來進行探討： 1.由極度簡化的模型出發，掌握此類分子基本 的共通性質，以此作為深層的精密研究的 基礎。 2.由現象學角度出發，分析目前資料庫中的實 驗數據，進行資料挖掘，歸納出其特性。 9-4 生物資訊 生物資訊(bioinformatics)是結合資訊科學與生物學的新興學科。所要探討的內容可以分成以下六項： 1.尋找生物體與生物體之間的同源性。 2.DNA序列分析。 3.多重序列組合。 4.基因功能預測。 5.蛋白質的形狀、結構及如何與其它蛋白質產