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网上一些生物学资源的使用 介绍一些数据库 实例 介绍一些重要的网址 基因和基因组数据库 GenbankGenbank库包含了所有已知的核酸序列和蛋白质序列，以及与它们相关的文献著作和生物学注释。它是由美国国立生物技术信息中心(NCBI)建立和维护的。NCBI的网址是：。 EMBL核酸序列数据库由欧洲生物信息学研究所(EBI)维护的核酸序列数据构成，查询检索可以通过通过因特网上的序列提取系统(SRS)服务完成。数据库网址是：http://www.ebi.ac.uk/embl/。SRS的网址是：http://srs.ebi.ac.uk/。 DDBJ数据库日本DNA数据仓库(DDBJ)也是一个全面的核酸序列数据库，与Genbank和EMBL核酸库合作交换数据。使用其主页上提供的SRS工具进行数据检索和序列分析。DDBJ的网址是：http://www.ddbj.nig.ac.jp/。 蛋白质数据库 PIR和PSDPIR国际蛋白质序列数据库(PSD)是国际上最大的公共蛋白质序列数据库。PIR提供序列检索标准的序列相似性搜索和蛋白质家族信息的高级搜索。PIR和PSD的网址是：/。数据库下载地址是：/pir/。 SWISS-PROTSWISS-PROT由欧洲生物信息学研究所(EBI)维护。数据库包含蛋白质序列、分类学信息、功能、位点、结构、相似性、残缺与疾病的关系等信息。SWISS-PROT的网址是：http://www.ebi.ac.uk/swissprot/。 PROSITEPROSITE数据库收集了生物学有显著意义的蛋白质位点和序列模式PROSITE的网址是：http://www.expasy.ch/prosite/。 PDB蛋白质数据仓库(PDB)是国际上唯一的生物大分子结构数据档案库，RCSB的PDB数据库网址是：/pdb/。 其他：SCOP COG等 功能数据库 1. KEGG京都基因和基因组百科全书(KEGG)是系统分析基因功能，联系基因组信息和功能信息的知识库。包括基因组序列和PATHWAY数据库KEGG的网址是：http://www.genome.ad.jp/kegg/。 2. DIP相互作用的蛋白质数据库(DIP)收集了由实验验证的蛋白质－蛋白质相互作用。DIP的网址是：/。 3. ASDB可变剪接数据库(ASDB)包括蛋白质库和核酸库两部分。ASDB的网址是：/asdb。 4. TRRD转录调控区数据库(TRRD)收录真核生物基因调控区结构－功能特性信息TRRD的网址是：http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/mgs/dbases/trrd4/。 5. TRANSFACTRANSFAC数据库是关于转录因子、它们在基因组上的结合位点和与DNA结合的profiles的数据库。TRANSFAC的网址是：http://transfac.gbf.de/TRANSFAC/。 序列比对和数据库搜索 序列两两比对最常见的FASTA工具和BLAST工具，BLAST是现在应用最广泛的序列相似性搜索工具。NCBI的BLAST网址是：/BLAST/。 多序列比对目前使用最广泛的多序列比对程序是CLUSTALWEBI的CLUSTALW网址是：http://www.ebi.ac.uk/clustalw/。 北京大学生物信息中心 网址： 提供多种服务： 序列查询SRS 序列对比BLAST 多个世界著名生物信息网站的镜像包括GDB、EXPASY、TransFac和MEDLINE等。 实例—CRFR2 查找序列 基因组分布分析 保守性分析 特异性分析 序列本身分析 辅助工具的应用 查找序列 NCBI的网址是： 基因组分布分析 NCBI的网址是： NCBI的BLAST网址是：/BLAST/ 保守性和特异性分析 利用多序列对比程序，比较不同物种间同一序列的保守性。 比较同一物种间不同分子，确定探针的特异性。 CLUSTALW网址：http://www.ebi.ac.uk/clustalw/ 序列本身分析 重复序列 GC含量 酶切位点等 辅助工具的应用 网上提供了各种分子生物学软件，可以帮助人们进行生物序列的分析和设计。功能包括：序列编辑、查找、PCR引物设计、引物评估、限制酶分析等功能。 DNASIS DNATool http://www.crc.dk/phys/A01B04_dnatools.htm。 ANNHYB????用来设计PCR引物与设计基因探针，对短DNA序列，它可生成互补序列、预测融点温度、计算GC百分含量、计算分子量、计算摩尔消光系数等。http://pcgen018.molinette.unito.it/programs/ 。 一些重要