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独行菜幼苗冷胁迫下LaAP基因表达分析-广西植物
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独行菜LaAP2克隆、生物信息学分析及表达分析
2,朱艳蕾1,赵惠新1*
(1.新疆特殊环境物种保护与调控生物学实验室,新疆师范大学生命科学学院,新疆 乌鲁木齐 830054;2. 新疆维吾尔自治区叶尔羌绿洲生态与生物资源研究高校重点实验室,喀什大学生命与地理科学学院,新疆 喀什44000) 摘要:AP2/ERF是广泛存在于植物中的一类重要的转录因子,调控一些参与非生物胁迫相关基因的表达,帮助植物提高逆境胁迫能力。基于前期对独行菜(Lepidium apetalum Willd)转录组数据库分析,克隆获得一个显著上调表达的AP2/ERF家族序列LaAP2。该基因cDNA全长为1005 bp,编码氨基酸序列包含一个AP2和一个B3结构域,属于AP2/ERF转录因子RAV亚家族。推定的LaAP2蛋白分子量为37.74467 KD ,等电点为9.49。该蛋白氨基酸序列同亚麻荠、拟南芥、油菜等物种显示出较高同源性,系统进化分析结果表明与拟南芥亲缘关系较近。氨基酸序列分析预测表明,LaAP2基因所编码的蛋白不具备信号肽区段,无跨膜区,不属于分泌蛋白,可能为亲水性蛋白定位于细胞质的可能性56.5%,定位于细胞核的可能性为21.7%;其主要二级结构元件为无规则卷曲、延伸链、α-螺旋。Real-time PCR分析独行菜幼苗中LaAP2在低温4℃处理下的表达,显示LaAP2表达受低温胁迫呈先下降后升高趋势。表明,LaAP2在独行菜幼苗抵抗低温胁迫中起调控作用。该研究为深入探讨LaAP2独行菜耐受低温萌发及幼苗耐受低温生长中的功能奠定基础。
关键词:独行菜,AP2/ERF转录因子,LaAP2基因克隆,序列分析,表达分析中图分类号:Q943.2 文献标识码:A 文章编号:
, bioinformatic and expression analysis of LaAP2 gene from Lepidium apetalum
LI Yan-Hong1, ZENG Wei-Jun1, ZHOU Qian1,2, ZHU Yan-Lei1, ZHAO Hui-Xin1*
Xinjiang Key Laboratory of Special Species Conservation and Regulatory Biology, College of Life Science, Xinjiang Normal University, 830054, Urumqi ,China ; 2. The Key Lab
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