面向结构网格并行应用的一类快速通信算法-计算物理.PDFVIP

第29卷第1期 计 算 物 理 V01．29．No．1 2012年1月 CHINESE OFCOMPUTATIONALPHYSICS JOURNAL Jan．．2012 文章编号：100l一246x(2叭2)0l-0058-07 面向结构网格并行应用的一类快速通信算法 刘 旭， 张爱清， 肖 丽， 莫则尧 (北京应用物理与计算数学研究所高性能计算中心，北京100094) 摘 要：通信算法需要在相邻子区域间传输数据．通过求解子区域间的相交问题可以寻找相邻区域．针对子区域 的求交问题，基于区间树，结合结构网格应用的特点，构造近似线性时间复杂度的算法．数值实验表明该算法 具有较高的计算效率和可扩展性，能够支持百万量级矩形子区域的并行计算． 关键词：并行计算；结构网格；快速通信算法；区间树 中图分类号：TP301 文献标识码：A O 引言 为了解决现代计算机复杂体系结构带来的访存墙问题，科学计算并行程序中的数据结构通常采用“子 区域一块一单元”的组织模式．在基于结构网格的数值模拟中，计算区域被分解为若干子区域，子区域再被划分 为若干块，每块是一个由若干网格单元组成的逻辑矩形区域(矩形块)．在并行计算中，每个处理器对应一个 子区域，由若干个矩形块拼接而成，矩形块是计算执行和负载调整的基本单位．例如，JAsMIN[1 3(http：／／ www．iapcm．ac．cn／jasmin)等自适应结构网格并行应用程序支撑框架均采用这种方式组织并行计算． 在通常的科学计算应用中，数据依赖关系发生在相邻矩形块之间．如果两个相邻的矩形块被分配在不同 的处理器，则需要进行通信．通信关系的建立可通过计算矩形块之间的交集(求交计算)来确定，因此，高效 的求交算法是结构网格并行计算创建通信关系的基础．在实际应用中，矩形块之间的通信关系往往是不规则 的，且动态变化．例如，复杂应用中广泛使用的结构网格自适应计算(SAMR)技术以及动态负载平衡策略的 使用，都会导致相邻关系和通信关系更加复杂且动态变化．由于实际应用的计算规模日益增加，要求求交算 法必须具有线性或近似线性的计算复杂度，否则，求交计算将成为实际应用中通信算法的瓶颈． 在传统的通信算法研究中，蛮力法和递归二分区域树算法心1是两种常用的求交算法．然而，蛮力法的计 算复杂度是O(Ⅳ2)，其中Ⅳ表示矩形区域的数目．递归二分区域树算法在矩形区域均匀分布时具有O(Ⅳlog Ⅳ)的计算复杂度，在分布不均匀时往往效率较低．在计算几何学研究中，线段树算法阳3和区间树算法H3被提 出用来解决类似的问题．这两种算法在二维求交计算时的计算复杂度为O(ⅣlogⅣ)，具有近似最优性．但是 在处理高维问题时，算法的计算复杂度一般是o(Ⅳlo一。1Ⅳ)H 3，其中d表示问题的维数，其执行速度仍然不 能满足需求． 为了提升矩形区域求交算法的计算效率，解决现有通信算法中的这个瓶颈问题，我们根据结构网格并行 应用的特点对区间树算法进行了优化改造，构造了计算复杂度为0(ⅣlogⅣ)的快速算法． 1 矩形区域求交问题与经典区间树求交算法 首先，对于d维结构网格，定义矩形区域(矩形块)为如下一类集合： z}． 收稿日期：2011一03一ll；修回日期：2011—08一02 发展规划973(201lcB309702)资助项目 作者简介：刘旭(1981一)，男，北京，博士，主要从事并行算法与并行应用软件研究，北京市海淀区丰豪东路2号100094， E-mail：liu—xu@iapcm．8c．cn 第1期 刘旭等：面向结构网格并行应用的一类快速通信算法 59 用