实用生物信息技术课程总结-abc.pdf

“实用生物信息技术” 课程总结 北大3班 Overview of other group’s work-1 ——趋磁细菌的化能合成作用初探 CO fixation SMART 2 Cycle tBLASTn Genomes of Weblab formatdb Magnetotactic bacterium Phylogenic tree Mega MEME Motif Overview of other group’s work-2 ——拟南芥Bzip转录因子家族成员At1g06070  克隆目的基因片段  将目的基因片段跟基因组进行BLAST, 得到基因定位  预测基因结构，比较各种软件之间的差异（GenScan、Softberry 、 HMMgene 、AUGUSTUS ）  tBLAST ，预测可能功能  细胞亚细胞定位（TargetP1.1、psort ）  motif预测（smart 、pfam、interpro scan、MEME）  一级结构分析（pepinfo、pepstats、protscale）  二级结构分析（Tmap、TMHMM、garnier）  三级结构预测（Swiss-model）  系统发育树构建（邻位相连、最小进化、最大简约法）EBC interface Overview of other group’s work-5 ——克隆的牛SOX9基因的验证  结构域分析（SMART）  跨膜区预测（TMHMM、SUSUI）  信号肽（signal peptide ）  亚细胞定位（TargetP、Softberry-Protcomp ）  O-连接糖基化预测（NetOGlyc 3.1 Server）  N-连接糖基化预测（NetCGlyc 1.0 Server）  二硫键分析（SCRATCH Protein Predictor）  磷酸化位点预测（CBS-NetPhos2.0 Server）  二级结构预测（PBIL LYON-GERLAND、Garnier）  三级结构预测（The Protein Model Portal ） Overview of other group’s work-G7 ——Rip3在代谢综合症中的作用分析  Rip3的基本信息查找  UCSC, ATLAS, EBI microarray database寻找Rip3是否 与代谢综合征相关  KEGG 数据库预测Rip3可能的信号通路  不同种属间，Rip3的保守性分析 Overview of other group’s work-G8 ——猪流感病毒外膜蛋白GP5的分析  一级结构分析 抗原表位预测 糖基化位点预测（NetOGlyc 31 Server） 理化性质分析（Protparam） 亲疏水性分析（ProtScale ） 信号肽预测（signalP-HMM）  二级结构预测 跨膜区预测（TMHMM、TMPred、SOSUI、TMAP） PHD、PROF、PSIPRED三种二级结构预测软件的比较  构建不同毒株GP5蛋