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EST信息检索及常用数据库;功能分类及代谢途径分析;主 要 内 容;一、文献检索;1.3 文献检索步骤(参考);二、一些常用的文献检索数据库;2.1 中文文献全文数据库;2.2 外文文献检索;PubMed;PubMed services;PubMed附加菜单栏;【实例1】 检索最新的关于人类EST应用的综述性文献。;PubMed显示方式(Display);三、文献管理;Reference Manager
(以此软件为例简单讲解实际使用方法,它将使论文写作中参考文献的使用和插入十分方便。)
EndNote / EndNote Web
(也将以此软件为例讲解实际使用方法,它将使论文写作中参考文献的使用和插入十分方便。)
ProCite
http://www.adeptscience.co.uk/index.html;四、常用的EST数据库;Database;其他相关数据库;4.1 dbEST;【实例2】在dbEST数据库中搜索并保存有关人的EST序列;4.2 EST序列的递交;4.2.1 EST序列的E-mail递交;EST数据的更新;4.2.2 具有生物学功能的EST序列的递交;4.3 UniGene;UniGene的查询;【实例3】查询在人的脑组织中表达的UniGene ;一条完整的UniGene记录包括:URL
类似的序列(与UniGene中的其他具有表达产物的序列进行比较得出);
基因表达情况(包括组织表达情况、表达水平(Profile)、GEO水平、NLAIII标签、SAU3A标签等);
图谱信息(即该基因在染色体上的定位信息以及STS的信息等);
序列(包括mRNA序列和EST序列)。
您可以把这些序列下载到本地,但是需要选择您的操作环境:Unix、PC或者Mac,然后点击“Download sequences”按钮, 就可以得到全部的序列 。; 在UniGene的一条记录中还有一些特殊的标识,其代表的意义如下:
P 经过翻译后,与已知蛋白有相似性
A 具有PolyA信号
S 该序列在这个基因簇中的匹配不是很理想
M 该克隆是一个推测的全长CDS;【实例1】 检索最新的关于人类EST应用的综述性文献。
/entrez/query.fcgi?db=PubMed
【实例2】在dbEST数据库中搜索并保存有关鸡(gallus gallus)的EST序列。
【实例3】查询在人的脑组织中表达的UniGene
/entrez/query.fcgi?db=unigene ;The end!;Publication文件 ;Library文件 ;Contact文件 ;EST文件;Method文件;Map Data文件;标 识;;;nature;;expressed sequence tag;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;全文链接;;;;;;全文链接;;;;;human;;;;;;;;;;;;
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